mechanický nebo molekulární původ bakteriální ovládání poměr stran zůstal nevyřešený problém pro více než čtyři desetiletí (viz např. Zaritsky,2015; Zaritsky, 1975). V našem rukopisu poskytujeme první biofyzikální model pro aspekt-poměr homeostázy v tyčkovitých bakterií a objasnit základní molekulární mechanismus, který bude informovat budoucí experimentální studie., Naše zjištění push pole z bakteriální buňky velikost control‘ pro nový směr, který se dosud zaměřoval na jednotlivé kontroly buněčného objemu, délky nebo šířky, zanedbávání, jak bakteriální délka a šířka jsou spolu vést k tyči-jako mobilní tvary.
Na podporu našeho modelu, jsme shromáždili velké množství mobilních dat obrazce (~5000 podmínek) z mnoha různých laboratoří, které opravdu potvrzují, že poměr stran je zachována v E. coli (a 7 dalších organismů) podle mnoha různých poruch na podmínkách růstu (Obrázek 1)., Důležité je, že náš model také předpovídá, za jakých podmínek E. coli buňky se mohou lišit od jejich homeostatický poměr stran 4:1, a jsme testovali náš kvantitativní předpovědi pro vláknité a kulovité tvary buněk proti experimentální data (viz Obrázek 2). Proto naše práce není pouze o udržování poměru stran 4: 1 U E.coli, ale obecněji o kontrole tvarů bakteriálních buněk při mnoha různých poruchách.
z recenzentských komentářů je zřejmé, že hlavní problémy s naším rukopisem spočívají v prezentaci výsledků (např., tvrzení o „univerzálnosti“) a obavy z novosti našeho modelu v kontextu předchozích studií. To je částečně způsobeno nedostatečnou komunikací z naší strany. S pečlivě četl a uvažoval o komentáře recenzenta, jsme přesvědčeni, že zlepšení v prezentaci našich výsledků, zvýšenou jasnost psaní, a rozšířil popis modelu bude řešit všechny komentáře recenzenta, důkladně a úplně.
Recenzent #1:
tento rukopis sestavuje data o délce, šířce a rychlosti růstu E., coli pod řadou experimentálních poruch, jako jsou změny růstového média, inkubace v antibiotikách, inhibovaná syntéza bílkovin atd. a ukazuje, že poměr plochy k objemu je silně zachován. Tento výsledek je v souladu s nedávnou prací skupiny Julie Theriot (která je citována v Harris and Theriot, 2016; 2018). V tomto rukopisu autor také přidává data z jiných bakterií ve tvaru tyče, které vykazují podobné chování (obrázek 1g)., Autoři tento výsledek použít k vytvořit model pro poměr stran nařízení, který je založen na exponenciálním růstu bakteriální délky na pevnou šířku, FtsZ produkce v míře úměrné růstu objemu sazba (která za předpokladu konstantní šířky také předpokládá, že FtsZ produkce je úměrná délce růstu sazeb), a divize, která nastane, když FtsZ produkce dosáhne kritické hodnoty, která je úměrná šířce. Tento model předpovídá konstantní poměr stran a autoři pak dále předpovídají dynamiku v poruchách impulzního typu.,
oceňujeme stručné shrnutí naší práce. Zatímco naše výsledky jsou v souladu s nedávnou model navržený Julie Theriot skupiny, je důležité si uvědomit zásadní rozdíl: Harris a Theriot ukázal, že tyčinkovité bakterie (E. coli, C. crescentus) udržení homeostatické povrch-k-objemový poměr (S/V) v růstu-rychlost závislá způsobem. Zde odhalujeme mnohem silnější geometrické omezení, že bakterie (zejména E.coli) udržují vztah s=yV2/3 (s konstantním γ), nezávisle na rychlosti růstu., Kromě toho Harris a Theriot model nevede k řízení poměru stran, jak je řešeno v reakci na komentář recenzenta #2.
mám s rukopisem dvě hlavní obavy.
Za prvé, jedinou novinkou modelu je předpoklad, že pro rozdělení buňky je nutné kritické množství FtsZ a že to závisí na šířce. Myslím, že je to rozumný předpoklad, ale také mám pocit, že celkové výsledky jsou poměrně zřejmé. To znamená, že není jasné, že model poskytuje významný pokrok v našem chápání.,
Náš model a analýzu rozšířit současný stav porozumění v mnoha způsoby:
– nabízíme první biofyzikální model pro ovládání poměr stran v bakterie a identifikovat molekulární původ. Podporujeme náš model tím, že velká populace měření (~5011 růstových podmínek v E. coli, 50 různých bakteriálních druhů) a jeden mobilní měření v matce stroj (n~80,000). Proč buňky E. coli udržují konstantní poměr stran byl záhadný více než půl století (Zaritsky, 1975; Zaritsky, 2015), bez předchozího existujícího modelu.,
– model pro poměr stran homeostázy poskytuje koncepční skok v oblasti bakteriální buňky velikost kontrolou, tím, že ukazuje, že přidaná buňka délky pro prut-jako buňky je spojen s jejich průměr. Předchozí fenomenologické modely zpracovávaly délku a průměr buněk jako nezávislé kontrolní proměnné (Taheri-Araghi et al., 2015, Harris and Theriot, 2016).
– myslíme si, že to není zřejmé, že E. coli buňky zachovat jejich poměry podle množství poruch na živiny podmínky, ribozomy, bílkovin zvýšená exprese nebo smazání (Obrázek 1A)., Náš model není jen určuje, že zachování poměru stran vyplývá z vyvážené biosyntézu růst a dělení proteinů (k/kP konstantní), ale také předpovídá, za jakých odchylky buněk se může lišit od jejich homeostatický poměr stran 4:1 (Obrázek 4). Poskytujeme kvantitativní, experimentálně testovatelný model pro kontrolu tvaru buněk, který přesahuje pouze regulaci kinetiky FtsZ.,
to znamená, Že tam je také malý problém s modelem, že očekáváme, že by vazba FtsZ závisí na poměru povrchu ku objemu (který ukáže, že to není záležitost, protože autoři skončit dělat předpoklady, že rychlost prsten je postaven, je rovna produkci bílkovin sazba).
To je jasné, proč FtsZ vazba by měla záviset na S/V. rychlost rovnice jsou formulovány z hlediska množství povrchu vázané a cytoplazmatické FtsZ, a ne jejich koncentrace., Kdyby jen rychlost, rovnice byly formulovány z hlediska koncentrace cytoplazmatické (c) a povrchově vázané proteiny (cr), pak se rychlost nárůstu povrchu vázán koncentraci FtsZ by přirozeně záviset na S/V.
dcrdt=kcr+kbVSc-kdcr
za Druhé, pokud bychom měli zvážit změny v FtsZ vazba s S/V, naše simulace ukazují, že to má zanedbatelný vliv na poměr stran. Pro buňky ve tvaru tyče, S / v ~1 / w v první aproximaci, kde w je Šířka buňky. Vzhledem k tomu, že během jednoho cyklu buněk se šířka nemění, zůstává S/V přibližně konstantní (nový obrázek 4—Obrázek doplněk 1A)., Pokud je šířka bakterií se mění v důsledku změny v podmínkách růstu, celková vazba může být ovlivněna (S/V) od plochy Z-ring = δw ~δ/(S/V), kde δ je / boční šířka FtsZ ring. Šířka E. coli se mění v různých růstových podmínkách od přibližně 0,5 do 1 µm (Taheri-Araghi et al., 2015), takže S/V se může měnit o maximální faktor 2. Abychom řešili vliv změn vazebné rychlosti, simulovali jsme náš dynamický model změnou poměru kb / kd přes 4 řády., Obrázek na obrázku 4-Obrázek doplněk 1B ukazuje závislost buněčného novorozeneckého poměru stran (n = 10000, během růstu v ustáleném stavu) na kb/kd. V limitu kb >>kd, poměr stran~4 podle očekávání. Faktor 2 se však mění i pro případ hraniční čáry kb / kd = 10, má zanedbatelný dopad na poměr stran buněk.
nicméně, jak poznamenal recenzent, míra náboru FtsZ do Z-ringu (~10s, Soderstrom et al., Nat Commun 2018) je mnohem rychlejší než tempo růstu., Výsledkem je, že rychlost, při které je kroužek vytvořen, je určena produkční rychlostí FtsZ v cytoplazmě.
Všimněte si také, že v rovnici fordPrdt je překlep, který má kd násobící obě sazby.
Opravili jsme překlep v rukopisu a poděkovali recenzentovi, že na to poukázal.
druhý a důležitější je, že zatímco výsledky dobře odpovídají datům, existuje řada aspektů prezentace, které jsou zavádějící. Název tvrdí, že zde uvedené výsledky/model jsou univerzální., Na obrázku 1G autoři vyberou 7 bakterií, aby tvrdili, že škálování SA = 2 π v(2/3) je mezi bakteriemi všudypřítomné. Jak bylo uvedeno, to také naznačuje, že poměr stran ~4 Je pravidlem pro bakterie ve tvaru tyčinky. To není pravda. Jako příklad, myxococcus xanthus má poměr stran kolem 7-8 a spirochety mají poměr stran ~30! Ještě důležitější je, že jednotlivé druhy ne vždy udržují stejný poměr stran. V B.subtilis se poměr stran může pohybovat mezi nejméně 3,8 – 8 (viz Ilkanaiv et al., 2017). Proto může být tento model použitelný pro e., coli (a možná i některé další bakterie), ale není univerzální.
Omlouváme se za nedorozumění, které mohlo být vyvoláno nedostatečnou jasností v naší prezentaci. V našem původním podání jsme netvrdili, že poměr stran 4:1, nebo ekvivalentně S = 2NV 2/3, je univerzální. Místo, zjistili jsme, že „univerzální“ škálování zákon S=yV2/3 je zachováno, mezi ve tvaru tyčinky nebo koky bakteriálních druhů, což znamená zachování pevného poměru stran (Obrázek 1A a E, dataset rozšířen)., Je skutečně možné, aby různé bakterie měly různé hodnoty pro γ. Například, na Obrázku 1E (dříve 1G) jsme se ukázat, že koky S. aureus v rámci různých poruch udržení vztahu S = 4.92 V. 2/3, což znamená zachování stejné měřítko (2/3) při zachování jiný poměr stran (1.38 +/- 0.18). Ve stejném obrázku (1E), jsme nyní zobrazit data pro celkem 48 různých tyčinkovité bakterie, a 1 tyč ve tvaru Archaea (H. vulcanii), z nichž pozoruhodné sledovat křivku Y = 2nV2/3.,
Kromě toho, náš model také předpovídá, jak poměr stran a šířka buňky může být změněn změnou (k/kp) a (k/β), což vede k vláknité nebo sférické buňky, v dohodě s dostupnými experimentálními daty. Na obrázku 4 (dříve Obrázek 2) ukazujeme, že náš model skutečně předpovídá rozdělení poměru stran 4:1 U E.coli pod ftsz nebo mreb perturbations.
recenzent však učinil vynikající bod, že dlouhé vláknité buňky, jako jsou spirochety, nemusí nutně šetřit jejich poměry stran., Na obrázku 1E nyní také zahrnujeme data pro spirochety jako jednu z výjimek z pravidla s=yV2/3. Proto jsme odstranili termín „univerzální“ z názvu a abstraktu našeho příspěvku. Faktem však zůstává, že E. coli pozoruhodně zachování jejich poměry v rámci rozmanité velikosti odchylky zahrnující dva řády (viz Obrázek 1A), a tak 50 dalších typů buněk (Obrázek 1E).
Motivován připomínky recenzentů 1 a 2, nyní patří schéma na Obrázku 1D pro ilustraci očekává, že škálování vztahy pro různé bakteriální tvary., Vláknité buňky (Helicobacter, Spiroplasma, Spirochety, Myxobacter) by pravděpodobně následovat vztahu SµV, vzhledem k tomu, koky nebo tyčinkovité buňky postupujte podle měřítka zákon: SµV2/3.
Recenzent #2:
V této studii autoři stanovené na studium velikosti a tvaru širokou škálu ‚tyčinkovité buňky sběrem obrazových dat z nejméně sedmi různých druhů a tisíce na celkových podmínek (genotyp x živiny x antibiotika)., Ve všech těchto podmínkách autoři najdou jednoduchý Zákon o škálování poměru plocha / objem, a to měřítko, které zachovává poměr stran buňky zhruba 4:1. Vzhledem k tomuto pozorování vytvářejí jednoduchý, mechanicky inspirovaný kvantitativní model růstu buňky. Pomocí tohoto modelu jsou schopni naladit tři parametry (k, KP, β) tak, aby odpovídaly sbírce experimentů s genetickým knockdownem a antibiotickou léčbou.,
Pochopení toho, jak buňky velikost a tvar homeostáza je udržována po celou dobu bakteriální království je velmi zajímavý a důležitý problém, a tyto autory je třeba pochválit za to, že tlačí společenství, aby zvážila, že tyto mechanismy mohou být zachovány v široké fylogenetické rozsahu. Nicméně, vzhledem k rozsáhlé množství literatury již k dispozici na mobil velikost/tvar homeostázy, a zejména na recenzi zmínil, autoři Harris a Theriot, vědecké bar pro produktivní zapojení na toto téma je už docela vysoká., Moc intelektuální hnací silou pro tuto práci se zdá následovat přímo z hypotéza z Harris a Theriot, že „Zatímco mnohé studie léčených objem jako aktivně řízené parametr, v tomto případě, naše nedávné práce naznačují, že je pravděpodobné, že jiná cesta kolem, a že SA/V je aktivně regulovaná proměnná, velikost s po spolu jako nezbytné .“Současná práce se snaží rozšířit nebo poskytnout alternativy pro mechanistické modely prezentované v Harris a Theriot a integrovat další data do jiných druhů., Vzhledem k tomu, že myšlenka zachování měřítka SA / V není nová, přitažlivá pro široké publikum, jako je například eLife, by vyžadovala experimentální ověření jejich mechanistického modelu.
kromě základní otázky kolem novinkou centrální hypotézy a platnost mechanistický model, existuje několik otázek, autoři by si vybrat, aby zvážila:
děkujeme recenzent pro shrnutí klíčových aspektů naší práce a uznávajíce význam oboru. Níže se zabýváme některými klíčovými připomínkami uvedenými výše., „rozsáhlé množství literatury již k dispozici na mobil velikost/tvar homeostázy“ –hodně práce bylo vykonáno během posledních pěti let na vývoj fenomenologické modely pro velikost buňky kontrolní. Fenomenologické modely pro homeostázu tvaru bakteriálních buněk jsou ošetřeny kontrolou délky buněk odděleně od kontroly šířky buněk u bakterií ve tvaru tyčinky. Poskytujeme molekulární model, který poprvé ukazuje, že rozměry bakteriálních buněk jsou spojeny, aby se zachoval poměr stran, čímž se propojuje pole velikosti buněk a tvarové homeostázy.,
„Moc intelektuální hnací silou pro tuto práci se zdá následovat přímo z hypotéza z Harris a Theriot“ – Náš model čerpá důkazy z více nedávné experimentální studie, při výslechu Harris a Theriot (HT) hypotéza. Je důležité rozpoznat klíčové rozdíly mezi oběma modely. Ht model nevede k zachování měřítka s-to-v nebo poměru stran, místo toho vede k modelu pro řízení šířky buněk (Eq. 3)., HT model vyvozuje, že V poměru je funkce růstového média, tak, že buňky dosahují nový homeostatický hodnota S/V na odchylky v růstu. Zde místo toho navrhujeme mnohem silnější omezení, že buňky zachovávají vztah škálování, s = µV 2/3 (μ konstanta) za různých růstových poruch (~5000 podmínek) napříč ~50 různými bakteriálními druhy. Kromě toho je HT model Agnostický ohledně molekulárních mechanismů. Zde poskytujeme explicitní molekulární kandidáta (FtsZ) pro kontrolu bakteriálního tvaru, po dohodě s vzrušujícími novými důkazy od Si et al., 2019., Dohromady náš model integruje zmije model pro velikost buňky homeostázu s regulací S/V poměr a FtsZ, poskytuje integrační rámec, který úspěšně předpovídá bakteriální tvar ovládat pouze tři fyziologické parametry.
„myšlenka SA/V měřítka zachování není nic nového“ – nejsou Nám známy nějaké jiné studie, které navrhují zachování měřítka vztahu S = µV 2/3 celé růstové podmínky, ani poskytnout model pro to., Jiní prokázali pouze důkazy pro regulaci poměru povrchu k objemu rychlostí růstu, což je přirozený důsledek našeho modelu (obrázek 1C).
„přitažlivé pro široké publikum, jako eLife by vyžadoval experimentální ověření jejich mechanický model“ – Náš model je pevně zakotvena v experimentálních dat (viz obrázky 1-4), a porovnáme náš model předpovědi značně experimentálních dat, v celém rukopisu., Jako nejsme experimentální laboratoři jsme sestavili dat z různých laboratoří ukazují, že náš model je v souladu s všechny dostupné mobilní tvar dat napříč ~50 druhů bakterií a ~5000 podmínky pro růst E. coli. Rozhodně vítáme návrhy na další testování našeho modelu.,
Hlavní body:
1) autoři by měli jasně vysvětlit, jak jejich mechanický model kontrastuje s buněčnou stěnu-zaměřený model navržený Harris a Theriot, a měla by usilovat o to, aby navrhnout experimenty s předpokládanými výsledky, které by odlišit peptidoglykanu centric model z FtsZ centric modelu. Pokud již existují údaje, které vyloučí jednu z nich, mělo by to být jasně prezentováno.,
souhlasíme s recenzentem, že v rukopisu by měla být formulována jasnější diskuse o kontrastu mezi naším modelem a modelem Harris/Theriot. V revidovaném rukopisu jsme rozšířili diskusi, abychom zdůraznili klíčové rozdíly mezi těmito dvěma modely.
Především mezi srovnání je, že Harris a Theriot navrhuje homeostatické regulace S/V v růstu-rychlost závislá způsobem. Zatímco navrhujeme mnohem silnější geometrické omezení, že vztah měřítka s = µV 2/3 je zachován nezávisle na rychlosti růstu., Tento výsledek však není v rozporu s modelem Harris / Theriot.
druhý, Harris a Theriot navrhli model, kdy se buňky rozdělí, jakmile se v buňce nahromadí prahové množství přebytečného materiálu povrchové plochy, ΔA. Z tohoto modelu vyplývá, že ΔA = ΔV (β/k – 2/r) = konstanta, kde r je poloměr buňky průřezu. To zase 1, což je v rozporu s experimentálními daty (Obrázek 1).,
za Třetí, jsme skutečně může navrhnout několik experimentálních testů pro náš model, jak je zdůrazněno v revidovaný rukopis:
– Náš model předpovídá, že FtsZ zvýšená exprese vede k minicells zatímco FtsZ smazání by vyvolat prodloužený fenotypy (Obrázek 4A). Tyto předpovědi jsou v souladu s údaji z Potluri et al., 1999, a Zheng et al., 2016.
– oscilace v množství FtsZ by vedly k kmitání velikosti buněk v souladu s novými daty od Si et al., 2019.
– celková hojnost ftsz váhy s průměrem buňky, v souladu s daty z Shi et al., 2017.,
– dále předpovídáme, že knockdown FtsZ by narušil zachování poměru stran, zatímco cílení prekurzorů buněčné stěny by změnilo tempo růstu, ale nezměnilo poměr stran nebo vztah měřítka s = µV 2/3. Obrázek 4—obrázek dodatek 1C ukazuje, povrch-objem škálování pro E. coli buňky ošetřené Fosfomycin, že cíl MurA (postihující buněčné stěny biogeneze) a FtsZ vyčerpání. Zjistili jsme, že buňky ošetřené Fosfomycinem zachovávají škálování s~V2/3, zatímco vyčerpání FtsZ narušuje škálování s~v2 / 3., To je jasný kontrast mezi úlohu prekurzorů buněčné stěny a FtsZ na mobilní tvar control, což znamená, že buněčné stěny předchůdce-based model sám o sobě není dostatečné k účtu pro změny tvaru.
Jako jeden takový příklad, autoři ukazují, že ladění jeden parametr (kp) je v souladu s experimentálními pojem příklepu výrobu FtsZ. Nedokáží však prokázat, zda existuje kvantitativní dohoda mezi výrobní sazbou FtsZ a částkou, kterou očekávají, že budou muset změnit kp (40%).,
náš model předpovídá, že snížení rychlosti produkce FtsZ na 40% WT vede k pozorovanému fenotypu v Zheng et al., 2016. To je v souladu se snížením relativní mRNA na ~ 40%, což odpovídá přidání 3 ng/ml aTc (obrázek 2b Zheng et al.). Komentujeme to v našem rukopisu a děkujeme recenzentovi, že na to poukázal.,
2) použití „univerzální“ v novinách je titul výrazně oversells o šíři druhů zařazených v pozorování a zákon síly popisují údaje, které pokrývají zhruba o jeden řád. Zatímco autoři zahrnují velkou sbírku dat, sběr není zdaleka komplexní pro všechna dostupná data o velikosti / tvaru a autoři jasně neuvádějí, proč se omezili na data, která provedli., Rychlé vyhledávání literatury odhaluje neoficiální důkazy o bakteriálních velikostech, které jsou mnohem menší než mikron, jako je Brevundimonas (PDA J Pharm Sci Technol. 2002 Mar-Duben;56(2): 99-108.) na téměř milimetr délky Epulopiscium (J.Protozoal., 35(4), 1988, s. 565-569). Poskytnuta, tyto publikace nemusí mít stejný typ dat nutné integrovat přímo do jejich modelu, ale pro diskusi o ‚univerzální měřítko‘, autoři by měli tlačit sami na pokrytí tak velké, délka-měřítko, jak je to možné., Při výběru souboru druhů pro zařazení do této studie se zdá, že mikrobiologická komunita již možná vybrala poměr stran asi 4:1 ve své definici bakterií ve tvaru tyče. Například, buňky, které mají mnohem kratší, poměr stran jsou uvedeny termín, vejčité nebo lancet (Streptococcus pneumoniae) nebo sférických (Staphylococcus aureus zde zahrnuty) a ty, které jsou mnohem delší, se nazývají vláknité (Sphaerotilus natans)., Matouce, tito autoři nezahrnují druhů, které byly tradičně klasifikovány jako tyčinkovité buňky s delší poměr stran jako (Helicobacter, Spiroplasma, Spirochety, Myxobacter).
tento bod řešíme v reakci na prvního recenzenta. Oba recenzenti vznesli relevantní bod, že dlouhé vláknité buňky, jako jsou spirochety, nemusí nutně šetřit své poměry stran. Na obrázku 1E nyní zahrnujeme dostupné údaje o tvaru pro spirochety jako jednu z výjimek z pravidla S=yV 2/3., Proto jsme odstranili termín „univerzální“ z názvu a abstraktu našeho příspěvku. Faktem však zůstává, že tyčinkovité bakterie (E. coli) výrazně šetřit jejich poměry v rámci rozmanité velikosti odchylky zahrnující dva řády (viz Obrázek 1A).
Na Obrázku 1E nyní jsme rozšířili soubor dat, na pokrytí dvou řádů, včetně 49 rozdílných tyč ve tvaru bakteriální druhy a 1 tyč ve tvaru Archebakterie. Všichni leží na křivce S=yV 2/3, což potvrzuje naše předpovědi. Kromě toho jsme také rozšířili e., coli dataset o 30 dalších podmínek růstu živin (Gray et al., 2019), potvrzující naše počáteční prohlášení o homeostáze poměru stran.
jsme vděční recenzentovi za to, že poskytl dokumenty vykazující drastický rozsah objemu v bakteriích o velikosti 2 řádů. Bakterie, které zahrnujeme na obrázku 1E, jsou ty, které jsou známy rozdělením pomocí strojů FtsZ během binárního štěpení. To má zachovat soulad s naším modelem, který je založen na regulaci FtsZ. Z tohoto důvodu jsme do naší analýzy nezahrnuli Epulopiscium., Do našeho grafu jsme také nezahrnuli Sphaerotilus natans, protože jsme pro něj nemohli najít dobré měření tvaru. V souladu s recenzent komentáře nyní jsme zahrnuli delší vláknité buňky Obrázek 1E. Zavedli jsme také nový kreslený Obrázek 1D ukazuje, jak dlouho vláknité buňky, které udržují jejich šířka konstantní, bude mít jiný měřítko zákon S~V.
3) nejsem zcela přesvědčen, že univerzální škálování se uplatňuje v rámci jednotné datové buňky (viz Obrázek 1D)., Vykreslením dat z jednotlivých buněk z různých experimentů se zdá, že rozsah dat má větší prioritu na průměry. Nicméně, v každém stavu se zdá být jasné odchylky od jednotného poměr stran‘, v souladu s autorem jediné buňky růstový model, že buňky rostou bez změny jejich průměr, než rozdělovat. To by mělo mít za následek zhruba faktor dvou změn poměru stran od narození k rozdělení. Myslím, že to je to, na co autoři odkazují ve čtvrtém odstavci úvodu, ale měli by diskutovat plněji.,
v našem původním podání jsme již podrobně prozkoumali odchylku od škálování 2/3 v jednobuněčných datech (Obrázek 2—Obrázek doplněk 1a-B). Hlavním důvodem odchylky od měřítka 2/3 pochází z velkých výkyvů délky novorozence pro danou šířku bakterií. Pomocí našeho modelu můžeme kvantitativně vysvětlit odchylku od univerzálního měřítka začleněním experimentálně měřených výkyvů šířky a délky buněk v souladu s experimentálními daty., Nyní jsme se to pokusili vysvětlit lépe v rukopisu a v doplňujícím titulku obrázku.
4) nechápu obrázek 2B vůbec. Zejména binning dat, které jsem byl schopen najít v Taheri-Araghi et al., 2015, je vázán velikostí buněk při narození, nikoli individuální rychlostí růstu buněk. Dále autoři nepopisují, jak jdou z dat v Taheri-Araghi et al., 2015, k údajům na obrázku 2b, ale mohlo by to být tak, že získali surová data od autorů a provedli nový typ analýzy., Pokud ano, měl by být zahrnut popis tohoto procesu.
byli Jsme laskavě poskytla s raw dat pro single-cell šířka a délka v různé míry růstu (podmínky) Suckjoon Jun laboratoře. Přeanalyzovali jsme data, provedli potřebné binning a analýzu. Jasně jsme to uvedli v dodatku a v každém titulku obrázku.
5) Nejsem si jistý, proč jsou data knockdown MreB a FtsZ ze si et al. je zahrnuta v hromadných údajích 1a, ale údaje o knockdownu MreB a FtsZ od Zheng et al., je považován za zcela samostatný experiment. Pokud byl přístup, který tyto dvě studie používaly, odlišný, může být užitečné vysvětlit, proč jsou některá data zahrnuta na jednom místě a jiná nejsou.
pro konzistenci nyní vykreslujeme data knockdown MreB a FtsZ ze Si et al. na obrázku 4B. knockdown data ze Si et al. zakryjte malý dynamický rozsah,takže je těžké získat jasný trend pouze z těchto dat. To je pravděpodobně proto, že buňky v těchto povalení experimenty byly pěstovány v pomalý růst média (MOPY glukóza + 6. a., s tempem růstu ~0.,75 h-1) a malé poruchy, zatímco údaje z Zheng et al. které ukazují drastické změny tvaru buněk (viz Obrázek 4B) jsou získány z experimentů na bohatých médiích (RDM + glukóza, se tempo růstu o 1,6 h-1), a velké odchylky. Trend v Si et al. zdá se, že je v souladu s těmi v Zheng et al.
https://doi.org/10.7554/eLife.47033.015
Napsat komentář