Jackson Avery es nieto de Harper Avery, uno de los cirujanos más famosos del país y homónimo del prestigioso Premio Harper Avery. El joven Avery creció escuchando en la mesa de su abuelo sobre la nobleza de ser cirujano, lo que lo inspiró a seguir esa carrera. Su padre «huyó a Dios sabe dónde porque no podía soportar la presión de ser un Avery», y su madre, Catherine, lo crió sola. Dice que en su familia, fue identificado como «solo el bonito» y nunca lo presionaron académicamente, por lo que se presionó a sí mismo., Jackson es inicialmente un residente quirúrgico en el Hospital Mercy West. Junto a April Kepner( Sarah Drew), Reed Adamson (Nora Zehetner) y Charles Percy (Robert Baker), se une al personal de Seattle Grace Mercy West después de que las instituciones se fusionen. Su abuelo Harper Avery está afiliado a Harvard y tiene que ser tratado en el hospital; durante este período, trata de convencer a su nieto para que lo transfiera al Hospital General de Massachusetts, lo que puede arreglar, pero el joven Avery se niega.
Después de un tiroteo masivo en SGMW, en el que 11 personas murieron, Avery sufre TEPT., Para mayor comodidad, él y Kepner toman habitaciones en la gran casa de su compañera residente Meredith Grey (Ellen Pompeo). También viven allí su marido, Derek Shepherd (Patrick Dempsey), el residente Alex Karev y la interna Lexie Grey (Chyler Leigh), su media hermana. Durante algún tiempo, Avery sufre a causa de la muerte de su amigo Percy en el tiroteo, y después de haber asistido en la cirugía de Shepherd, mientras que amenazado a punta de pistola por el tirador. La séptima temporada muestra el interés emergente de Avery en la hermana de Meredith, Lexie Grey, y comienzan una relación., Avery también comienza a trabajar con el jefe de Cirugía Plástica Mark Sloan (Eric Dane), quien previamente había tenido una relación con Lexie. Ella está desconcertada por los dos hombres que trabajan juntos y, cuando más tarde muestra que todavía tiene sentimientos por Sloan, Avery rompe con ella.
a medida que se acerca el final del quinto año de residencia, Los residentes quirúrgicos, incluido Avery, se preparan para sus certificaciones de la junta mientras se preparan para las becas. La noche antes de tomar el examen, Jackson y April Kepner tienen relaciones sexuales., Sin embargo, Kepner es virgen y lamenta haber roto su promesa a Jesús de permanecer virgen hasta el matrimonio; los dos tienen relaciones sexuales de nuevo durante el período de los exámenes. Durante el examen, Avery es apoyado por su madre, Catherine (Debbie Allen), quien resulta ser una probadora en los exámenes.
Avery, Meredith Grey, Cristina Yang y Alex Karev finalmente pasan sus tableros, mientras que Kepner falla. Aunque Avery tiene verdaderos sentimientos por ella, ella lo aleja porque cree que se siente culpable por tener sexo con ella., En el final de la octava temporada, Avery le revela a April que está tomando el puesto en Tulane Medical Center, a pesar de sentirse enfermo por dejar Seattle Grace Mercy West y ella atrás. Como celebración de la conclusión de sus residencias, el ex jefe de cirugía Richard Webber (James Pickens, Jr.) organiza su cena anual para ellos. La octava temporada termina con Avery, Karev, Kepner y Webber esperando a Meredith y Yang. Son víctimas de un accidente de aviación en el que Lexie Grey y finalmente Mark Sloan mueren de sus heridas.,
Después del accidente, Avery se queda en Seattle Grace y continúa su trabajo en Cirugía Plástica. Él y Kepner continúan una relación sexual, aunque April está incómoda y cree que está embarazada. Cuando ella le dice a Avery, él le propone matrimonio y ella acepta, anticipando una boda feliz. Pero el embarazo es falso y la pareja rompe antes de anunciar su compromiso al personal. Como un medio para evitar el uno al otro, los dos doctores deciden cada uno traer una fecha a la boda de la Dra. Bailey, ambos de los cuales son internos.,
Después de la boda, Avery tiene relaciones sexuales en su coche con su cita, la pasante Stephanie Edwards (Jerrika Hinton). Poco después le cuenta a Kepner sobre el incidente, y ella le agradece por su honestidad. Se insinúa que Avery todavía ama a Kepner cuando ella se dirige a él para obtener consejos de citas y muestra celos. Restablecen una amistad. Cuando el hospital se enfrenta a una crisis financiera, la madre de Avery, Catherine, acepta invertir en el hospital a través de la Fundación Harper Avery; pero insiste en que Avery sea nombrado presidente., La Junta Directiva (a sugerencia de Avery) más tarde cambia el nombre del hospital como Grey Sloan Memorial Hospital. Kepner se compromete con Matthew, pero en su boda, Avery se levanta para profesar su amor por ella.
Kepner elige a Avery, y se quedan sin su boda juntos. Cuando Kepner lamenta su decisión, Avery le propone matrimonio y se fugan. Mantienen su matrimonio en secreto del resto del personal del hospital, debido a una nueva regla que restringe las relaciones entre el personal. Stephanie, La Ex novia de Avery, se siente especialmente traicionada por cómo la dejó., Catherine Avery no está contenta con la fuga de su hijo con Kepner, ya que no logró hacer un acuerdo prenupcial para proteger la fortuna de la familia Avery. Se reconcilian después de que Kepner firmara tal acuerdo.
Jackson y April pronto atraviesan una mala racha cuando se dan cuenta de que tienen diferentes puntos de vista sobre la forma en que sus hijos deben ser criados con respecto a la religión. Poco después de su pelea, April se da cuenta de que está embarazada. El bebé de April y Jackson es diagnosticado durante el embarazo con osteogénesis Imperfecta tipo 2, y aprenden que el bebé no sobrevivirá mucho después del nacimiento., Jackson cree que la terminación es la mejor opción; sin embargo, April preferiría dar a luz al bebé, sabiendo que no vivirá mucho tiempo. Programan una inducción para el día siguiente, y al comienzo de la cita se les pide que firmen el certificado de defunción de su bebé, que es demasiado difícil de soportar para la pareja. April No firma los papeles y regresa al trabajo el mismo día rezando por un milagro, mientras que en el trabajo tiene un corazón a corazón con una señora que perdió a su prometida la noche anterior., Deciden dar a luz al bebé a través de la inducción a las 24 semanas de gestación, bautizándolo en ese momento. Ella da a luz a Samuel Norbert Avery y él muere poco después de nacer.
en el final de la Temporada 11, Kepner le dice a Avery que se va con Owen Hunt para servir como cirujano de trauma en el ejército; esto la ayudará a llorar por su hijo. Avery la deja ir y se pregunta cómo puede lidiar con su propio dolor. Después de discusiones por teléfono a través de Facetime, Kepner le dice a Avery que está extendiendo su tiempo de servicio., El sonido de disparos y explosiones se escuchan en el campamento base de April, lo que la deja para terminar rápidamente la llamada. En el día de San Valentín, Kepner regresa al hospital, donde ella y Avery se abrazan en el vestíbulo.
En la temporada 12, su matrimonio comienza a desmoronarse y crecen alejados. En el episodio 11, solicitan un divorcio civil. Después de que se complete su divorcio, Kepner revela que está embarazada del Hijo de Avery. En la Temporada 14, Jackson comienza una relación con Maggie Pierce.
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