Winters buscó utilizar el talento recién descubierto de Scott en sus crímenes, y abusó físicamente del joven cuando inicialmente se negó. Sin embargo, la demostración de poder de Scott había atraído la atención del profesor telépata mutante Charles Xavier, quien se asoció con el agente del FBI Fred Duncan en su intento mutuo de encontrar a Scott. Scott fue rescatado de las garras de Winters y fue reclutado por Xavier como el primer miembro de los X-Men, un equipo de jóvenes mutantes que se entrenaron para usar sus poderes en la lucha por la igualdad entre humanos y mutantes.,
Como Cíclope, Scott se convirtió en líder adjunto de los X-Men. Aunque era un hábil táctico, le faltaban sus habilidades sociales. Scott se había enamorado de su compañera de equipo Jean Grey, pero su comportamiento reservado le impidió expresar sus sentimientos por ella durante años. Cuando los otros reclutas originales de Xavier abandonaron el redil después de un encuentro con Krakoa, Cíclope se quedó como líder adjunto del nuevo equipo.
poco después, la entidad cósmica conocida como la Fuerza Fénix tomó el lugar de Jean., Cuando se suicidó, Scott creyó que el amor de su vida había muerto y dejó a los X-Men. Durante su tiempo fuera del equipo, Scott conoció al capitán del barco pesquero Lee Forrester, quien lo ayudó a superar su dolor. Scott finalmente regresó a los X-Men con lo cual conoció a Madelyne Pryor, una mujer que tenía un extraño parecido con Jean. Sin saber que Madelyne era un clon de Jean creado por siniestro, Scott se enamoró de Madelyne y pronto se casaron. Madelyne quedó embarazada y dio a luz a Scott un hijo llamado Nathan Christopher.,
Cuando el verdadero Jean emergió de la animación suspendida, Scott abandonó a su esposa e hijo y se reunió con los otros X-Men originales para establecer un nuevo equipo, X-Factor. Durante una invasión demoníaca de la ciudad de Nueva York, X-Factor y los X-Men lucharon contra una super-poderosa y loca Madelyne. La invasión fue frustrada después de que Madelyne pereciera en combate con Jean.
más tarde, el Señor de la guerra mutante llamado Apocalipsis infectó al bebé Nathan con un virus Tecno-orgánico., Para salvar la vida de su hijo, Scott tuvo que permitir que un miembro del Clan Askani transportara a Nathan dos milenios al futuro, donde se había previsto que liberaría al mundo de las garras de Apocalipsis. X-Factor se disolvió poco después, y sus miembros regresaron a las filas de los X-Men. Scott y su amor de mucho tiempo Jean se casaron, y mientras estaban de luna de miel sus espíritus fueron llevados a la corriente temporal por la matriarca del Clan Askani. Al llegar en el futuro, habitaron nuevos cuerpos y criaron a Nathan durante doce años., Cuando regresaron a su propio tiempo y cuerpo, Nathan permaneció en el futuro y finalmente maduró en el mayor héroe de su tiempo: Cable.
tras el arresto del Profesor X por crímenes cometidos como el malvado ataque de la entidad psiónica, Scott asumió el papel de liderazgo de los X-Men una vez más. Poco después, la operación de caza de mutantes patrocinada por el gobierno conocida como «tolerancia cero» entró en vigor, y el villano Bastión capturó a los X-Men. En su intento de destruir a mutantkind, Bastion colocó una bomba nanotecnológica dentro del cuerpo de Scott., Los X-Men escaparon, y la doctora mutante llamada Cecilia Reyes salvó la vida de Scott. Scott y su esposa pronto tomaron un permiso de ausencia de los X-Men por un período de recuperación.
no mucho después de regresar al equipo, Scott y Jean pronto se vieron envueltos en la apuesta de Apocalipsis por el poder cósmico al reunir a «los Doce», un grupo de mutantes que determinarían el destino de su tipo que incluía a Scott, Jean y Cable., Estaban conectados a una máquina que canalizaría sus energías impresionantes en Apocalipsis, lo que le permite absorber el cuerpo del poderoso adolescente mutante lanzado por el tiempo conocido como X-Man. Cuando sus compañeros de equipo cayeron a su alrededor, un impotente Scott salvó a X-Man y se fusionó con el aspirante a conquistador para crear una nueva entidad malvada. Jean detectó la psique de Scott dentro de Apocalipsis y evitó que los X-Men lo destruyeran, sin embargo, la mayoría de sus compañeros de equipo lo presumieron muerto. Sólo Jean y Cable se negaron a creer que Scott había muerto.,
investigando los rumores de que estaba vivo, la pareja lo encontró en el lugar de nacimiento de Apocalipsis en Akkaba, Egipto, luchando por reafirmar su mente sobre la psique del villano. En última instancia, Jean fue capaz de arrancar físicamente la esencia de Apocalipsis del cuerpo de Scott usando sus poderes mentales, y Cable la destruyó con sus propios poderes.
Scott se fue por un pequeño período de recuperación, durante el cual se reunió y se reconcilió con su padre. Después, Scott regresó a los X-Men, pero su asociación con Apocalypse le había dado una personalidad más seria que nunca., Como resultado, muchas de sus relaciones se volvieron tensas, incluido su matrimonio con Jean. Scott buscó el Consejo de su compañera de equipo Emma Frost y la pareja comenzó una aventura psíquica. Cuando Jean descubrió la traición de Scott, dejó a los X-Men para resolver el lío en el que se había convertido su vida.
tras la salida del Profesor X como mutante al mundo, su escuela fue rebautizada Instituto Xavier de Educación Superior y abrió sus puertas a la población mutante en general, entrenando y educando a docenas de jóvenes nuevos estudiantes para ayudarlos a hacer frente a sus crecientes habilidades., Después de la muerte de su esposa, Scott asumió el cargo de co-director de la escuela junto a su nuevo amor, Emma.
el mundo de Cíclope se alteró aún más cuando un misterioso mutante lo atacó y lo llevó a él y a Marvel Girl (su hija y la de Jean Grey) a una instalación secreta abandonada. Cíclope finalmente descubrió que el mutante no era otro que su hermano Gabriel, que había sido un estudiante de Moira que el Profesor X había enviado para rescatar a Scott de Krakoa., Scott había presenciado las aparentes muertes de Gabriel y sus compañeros de equipo; Xavier le había limpiado la mente para aliviar el trauma psíquico del evento. Sacudido hasta la médula, Cíclope expulsó al entonces impotente Xavier del Instituto.
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