Winters a cherché à utiliser le nouveau talent de Scott dans ses crimes, et a physiquement abusé du jeune garçon quand il a initialement refusé. Cependant, la démonstration de puissance de Scott avait attiré l’attention du professeur télépathe mutant Charles Xavier, qui a fait équipe avec l’agent du FBI Fred Duncan dans leur tentative mutuelle de trouver Scott. Scott a été sauvé des griffes de Winters et a été enrôlé par Xavier comme le premier membre des X-Men, une équipe de jeunes mutants qui se sont entraînés à utiliser leurs pouvoirs dans la lutte pour l’égalité homme/mutant.,
En tant que Cyclope, Scott est devenu chef adjoint des X-Men. Alors qu’il était un tacticien habile, ses compétences sociales manquaient. Scott était tombé amoureux de sa coéquipière Jean Grey, mais son comportement réservé l’a empêché d’exprimer ses sentiments pour elle pendant des années. Lorsque les autres recrues originales de Xavier ont quitté le giron suite à une rencontre avec l’être insulaire sensible Krakoa, Cyclope est resté en tant que chef adjoint de la nouvelle équipe.
Peu de temps après, l’entité cosmique connue sous le nom de Force Phoenix a pris la place de Jean., Quand il s’est suicidé, Scott a cru que l’amour de sa vie était mort et il a quitté les X-Men. Pendant son absence de l’équipe, Scott a rencontré le capitaine de bateau de pêche Lee Forrester qui l’a aidé à surmonter son chagrin. Scott est finalement retourné aux X-Men après quoi il a rencontré Madelyne Pryor, une femme qui ressemblait étrangement à Jean. Ignorant que Madelyne était un clone de Jean créé par Sinister, Scott est tombé amoureux de Madelyne et ils se sont bientôt mariés. Madelyne tomba enceinte et donna à Scott un fils nommé Nathan Christopher.,
Lorsque le vrai Jean est sorti de l’animation suspendue, Scott a abandonné sa femme et son fils et a rejoint les autres X-Men originaux pour créer une nouvelle équipe, X-Factor. Lors d’une invasion démoniaque de New York, X-Factor et les X-Men se sont battus contre une Madelyne surpuissante et folle. L’invasion a été contrecarrée après que Madelyne a péri au combat avec Jean.
Plus tard, le seigneur de guerre mutant nommé Apocalypse infecte bébé Nathan avec un virus techno-organique., Pour sauver la vie de son fils, Scott a dû permettre à un membre du clan Askani de transporter Nathan deux millénaires dans le futur, où il avait été prévu qu’il délivrerait le monde des griffes de l’Apocalypse. X-Factor se dissout peu de temps après, et ses membres retournent dans les rangs des X-Men. Scott et son amour de longue date Jean se sont mariés, et pendant leur lune de miel, leurs esprits ont été pris dans le timestream par la matriarche du Clan Askani. Arrivés dans le futur, ils ont habité de nouveaux corps et ont élevé Nathan pendant douze ans., Quand ils sont retournés à leur temps et à leur corps, Nathan est resté dans le futur et a finalement mûri pour devenir le plus grand héros de son temps: Cable.
À la suite de l’arrestation du Professeur X pour des crimes commis en tant qu’entité psionique maléfique Onslaught, Scott a assumé le rôle de leader des X-Men une fois de plus. Peu de temps après, l’opération de chasse aux mutants parrainée par le gouvernement connue sous le nom de « Tolérance zéro » a pris effet, et le Bastion vilain a capturé les X-Men. Dans sa tentative de détruire mutantkind, Bastion a placé une bombe nanotechnologique à l’intérieur du corps de Scott., Les X-Men se sont échappés, et le docteur mutant nommé Cecilia Reyes a sauvé la vie de Scott. Scott et sa femme ont rapidement pris un congé des X-Men pour une période de récupération.
Peu de temps après leur retour dans l’équipe, Scott et Jean se sont rapidement retrouvés impliqués dans la tentative d’Apocalypse pour le pouvoir cosmique en assemblant « The Twelve » – un groupe de mutants qui déterminerait le sort de leur genre qui comprenait Scott, Jean et Cable., Ils ont été câblés à une machine qui canaliserait leurs énergies impressionnantes dans l’Apocalypse, lui permettant d’absorber le corps du puissant adolescent mutant lancé dans le temps connu sous le nom de X-Man. Alors que ses coéquipiers tombaient autour de lui, Scott, impuissant, sauva X-Man et fusionna avec le futur conquérant pour créer une nouvelle entité maléfique. Jean a détecté la psyché de Scott à l’intérieur d’Apocalypse et a empêché les X-Men de le détruire, mais il a été présumé mort par la plupart de ses coéquipiers. Seuls Jean et Cable refusèrent de croire que Scott avait péri.,
Enquêtant sur des rumeurs selon lesquelles il était vivant, le couple l’a trouvé dans le lieu de naissance d’Apocalypse à Akkaba, en Égypte, luttant pour réaffirmer son esprit sur la psyché du méchant. En fin de compte, Jean a été capable de déchirer physiquement l’essence d’Apocalypse du corps de Scott en utilisant ses pouvoirs mentaux, et Cable l’a détruite avec ses propres pouvoirs.
Scott part pour une petite période de convalescence, au cours de laquelle il rencontre et se réconcilie avec son père. Par la suite, Scott est retourné aux X-Men, mais son association avec Apocalypse lui avait donné une personnalité plus sombre et plus sérieuse que jamais., En conséquence, beaucoup de ses relations se sont tendues, y compris son mariage avec Jean. Scott a demandé l’avis de sa coéquipière Emma Frost et le couple a commencé une liaison psychique. Lorsque Jean a découvert la trahison de Scott, il a quitté les X-Men afin de régler le désordre que sa vie était devenue.
Suite à la sortie du Professeur X en tant que mutant dans le monde, son école a été rebaptisée Institut Xavier d’Enseignement Supérieur et a ouvert ses portes à la population mutante en général, formant et éduquant des dizaines de jeunes nouveaux étudiants pour les aider à faire face à leurs capacités en plein essor., Après la mort de sa femme, Scott a assumé le poste de co-directeur de l’école aux côtés de son nouvel amour, Emma.
Le monde de Cyclope a été bouleversé lorsqu’un mystérieux mutant l’a attaqué et l’a amené avec Marvel Girl (sa fille et celle de Jean Grey) dans un établissement secret abandonné. Cyclope a finalement découvert que le mutant n’était autre que son frère Gabriel, qui avait été un étudiant de Moira que le professeur X avait envoyé pour sauver Scott de Krakoa., Scott avait été témoin de la mort apparente de Gabriel et de ses coéquipiers; Xavier l’avait effleuré l’esprit pour atténuer le traumatisme psychique de l’événement. Secouée, Cyclope expulsé alors impuissant Xavier de l’Institut.
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