Molte proteine “legano” il DNA attraverso amminoacidi caricati positivamente sulle loro superfici. Tuttavia, per superare significativi ostacoli energetici e topologici, le proteine che piegano o imballano il DNA potrebbero anche modulare la rigidità generata dalle repulsioni tra fosfati all’interno del DNA., Molto lavoro precedente descrive come gli ioni cambiano la flessibilità del DNA in soluzione, ma quando si considerano macromolecole come la cromatina in cui il DNA contatta il nucleo nucleosoma ogni giro della doppia elica, può essere più appropriato valutare la flessibilità del DNA su superfici cariche. Mica rivestito con molecole caricate positivamente è un substrato conveniente su cui la flessibilità del DNA può essere misurata direttamente con un microscopio a forza di scansione., Negli esperimenti descritti di seguito, la flessibilità del DNA è aumentata di cinque volte a seconda della concentrazione e del tipo di poliammina utilizzata per rivestire la mica. Usando la teoria che collega la neutralizzazione della carica alla flessibilità, prevediamo che le repulsioni di fosfato siano state attenuate di ∼50% nel DNA più flessibile osservato. Questo semplice metodo è uno strumento importante per indagare le cause fisiochimiche e gli effetti biologici molecolari della flessibilità del DNA, che influenza la biochimica del DNA che va dalla stabilità della cromatina all’incapsulamento virale.
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