a origem mecanicista ou molecular do controlo da proporção bacteriana tem permanecido um problema não resolvido por mais de quatro décadas (ver,por exemplo, Zaritsky, 2015; Zaritsky, 1975). Em nosso manuscrito nós fornecemos o primeiro modelo biofísico para homeostase de proporção em bactérias como varetas e elucidamos o mecanismo molecular subjacente que irá informar futuros estudos experimentais., Nossos achados empurram o campo de ‘controle de tamanho de células bacterianas’ para uma nova direção, que tem até agora focado no controle individual do volume, comprimento ou largura de células, negligenciando como o comprimento e largura bacterianas são acoplados para dar origem a formas de células tipo vara.
para apoiar o nosso modelo, recolhemos um grande número de dados de forma celular (~5000 condições) de muitos laboratórios diferentes, que de facto confirmam que a razão de aspecto é conservada em E. coli (e outros 7 organismos) sob muitas perturbações diferentes das condições de crescimento (Figura 1)., O que é importante é que o nosso modelo também prevê em que condições as células de E. coli podem desviar-se do seu aspecto homeostático de 4:1, e testámos as nossas previsões quantitativas para formas celulares filamentosas e esféricas com base em dados experimentais (Figura 2). Portanto, nossa tese não é apenas sobre a manutenção de 4: 1 proporção na E. coli, mas mais amplamente sobre o controle de formas celulares bacterianas sob muitas perturbações diferentes.
é evidente pelos comentários do revisor que as principais questões com o nosso manuscrito estão na apresentação dos resultados (e.g., reivindicação de “universalidade”), e preocupações sobre a novidade do nosso modelo no contexto de estudos anteriores. Isto deve-se, em parte, a uma comunicação insuficiente da nossa parte. Depois de lermos e deliberarmos sobre os comentários do revisor, acreditamos que uma melhoria na apresentação dos nossos resultados, uma maior clareza de escrita e uma descrição ampliada do modelo irá abordar todos os comentários do revisor de forma completa e completa.
Revisor # 1:
Este manuscrito compila dados sobre o comprimento, largura e taxa de crescimento de E., coli sob uma série de perturbações experimentais, tais como alterações no meio de crescimento, incubação em antibióticos, síntese proteica inibida, etc. e mostra que a relação superfície / volume é fortemente conservada. Este resultado é consistente com o trabalho recente do grupo de Julie Theriot (que é citado em Harris e Theriot, 2016; 2018). Neste manuscrito, o autor também adicionou dados de outras bactérias em forma de vara que mostram comportamento semelhante (figura 1G)., Os autores utilizam este resultado para desenvolver um modelo de relação de aspecto de regulamento, que é baseado no crescimento exponencial de bactérias comprimento na largura fixa, FtsZ de produção a uma taxa proporcional à taxa de crescimento em volume (que por assumindo largura constante também assume que o FtsZ produção é proporcional ao comprimento taxa de crescimento), e a divisão que ocorre quando FtsZ a produção atinge um valor crítico, que é proporcional à largura. Este modelo prevê uma relação de aspecto constante e os autores então passam a prever a dinâmica sob perturbações do tipo de impulso.,
apreciamos o resumo sucinto do nosso trabalho. Embora as nossas descobertas sejam consistentes com um modelo recente proposto pelo grupo de Julie Theriot, é importante notar a diferença fundamental: Harris e Theriot mostraram que bactérias em forma de vara (E. coli, C. crescentus) manter uma taxa homeostática superfície-volume (S/V) de uma forma dependente da taxa de crescimento. Aqui descobrimos uma restrição geométrica muito mais forte que as bactérias (especialmente E. coli) mantêm a relação s=yV2/3 (com uma constante γ), independente da taxa de crescimento., Além disso, o modelo Harris e Theriot não leva ao controle de proporções, como abordado em resposta a um comentário do Revisor #2.
i have two main concerns with the manuscript.
primeiro, a única novidade do modelo é a suposição de que há uma quantidade crítica de FtsZ necessária para dividir a célula e que isso depende da largura. Penso que se trata de um pressuposto razoável, mas penso também que os resultados globais são bastante óbvios. Ou seja, não é claro que o modelo proporciona um avanço significativo na nossa compreensão.,
Nosso modelo de análise e expandir o estado atual de compreensão de muitas maneiras:
– Nós fornecemos o primeiro modelo biofísico para a relação de aspecto de controle de bactérias e identificar molecular origens. Apoiamos o nosso modelo através de grandes medições da população (~5011 condições de crescimento na E. coli, 50 espécies bacterianas diferentes) e medições de células únicas na máquina mãe (n~80.000). Por que as células de E. coli manter uma proporção constante de aspecto tem sido intrigante por mais de meio século (Zaritsky, 1975; Zaritsky, 2015), sem modelo anterior existente.,
– o modelo para homeostase de proporção proporciona um salto conceptual no campo do controle de tamanho de células bacterianas, mostrando que o comprimento de células adicionado para células semelhantes a varetas é acoplado ao seu diâmetro. Modelos Fenomenológicos anteriores trataram o comprimento e o diâmetro das células como variáveis de controlo independentes (Taheri-Araghi et al., 2015, Harris and Theriot, 2016).
– pensamos que não é óbvio que as células de E. coli preservem as suas proporções sob uma multiplicidade de perturbações em relação às condições nutricionais, ribossomas, sobre-expressão proteica ou eliminação (figura 1A)., Nosso modelo não só identifica que a manutenção da razão de aspecto emerge da biossíntese equilibrada de proteínas de crescimento e divisão (constante k/kP), mas também prevê sob que perturbações as células podem se desviar de sua relação de aspecto homeostático de 4:1 (Figura 4). Nós fornecemos um modelo quantitativo e experimentalmente testável para controle de forma celular que vai além da regulação da cinética FtsZ.,
o Que disse, há também um pequeno problema com o modelo, em que poderíamos esperar que a taxa de ligação de FtsZ depender da superfície a relação de volume de som (que não fica fora de questão, pois os autores acabam de fazer suposições de que a taxa de anel é construído é igual a proteína taxa de produção).
não é claro por que a taxa de ligação do FtsZ deve depender de S / V. As equações de taxa são formuladas em termos da quantidade do FtsZ ligado à superfície e citoplasmático, e não em suas concentrações., Se apenas a taxa de equações foram formulados em termos da concentração citoplasmática (c) e superfície ligados a proteínas (cr), então a taxa de aumento de superfície acoplado a concentração de FtsZ seria, naturalmente, dependem S/V.
dcrdt=kcr+kbVSc-kdcr
em Segundo lugar, se considerarmos as alterações no FtsZ taxa de ligação com a S/V, nossas simulações mostram que este tem efeito insignificante sobre a relação de aspecto. Para as células em forma de vara, s/v ~1 / w na primeira aproximação, em que w é a largura da célula. Uma vez que durante um ciclo celular a largura não muda, S/V permanece aproximadamente constante (nova figura 4—suplemento 1A)., Se a largura da bactéria mudar devido a alterações nas condições de crescimento, a taxa de ligação global pode ser afetada por(S/V) uma vez que a área do anel Z = δw ~δ/(S/V), onde δ é a largura lateral do anel FtsZ. A largura de E. coli muda em diferentes condições de crescimento de aproximadamente 0,5 até 1 µm (Taheri-Araghi et al., 2015), assim S/V pode mudar por um fator máximo de 2. Para abordar o efeito de mudanças na taxa de ligação, simulamos o nosso modelo dinâmico, alterando a razão kb / kd em 4 ordens de magnitude., O valor da Figura 4-figura do suplemento 1B mostra a dependência do aspecto celular recém-nascido (n = 10000, durante o crescimento em estado estacionário) em kb/kd. In the limit kb >>kd, aspect ratio~4 as expected. No entanto, o factor de 2 Alterações, mesmo para o caso da linha de contorno de kb/kd = 10, tem um impacto negligenciável na relação de aspecto celular.
no entanto, como observado pelo revisor, a taxa de recrutamento da FtsZ para o Z-ring (~10s, Soderstrom et al., Nat Commun 2018) é muito mais rápido do que a taxa de crescimento., Como resultado, a taxa a que o anel é construído é determinada pela taxa de produção de FtsZ no citoplasma.
Note também que há um tipo na equação fordPrdt, que tem KD multiplicando ambas as taxas.corrigimos o erro no manuscrito e agradecemos ao revisor por apontar isso.
em Segundo lugar, e mais importante, é que, enquanto os resultados coincidem com os dados, há uma série de aspectos de apresentação que são enganosas. O título afirma que os resultados/modelo aqui apresentados são universais., Na figura 1G, os autores selecionam 7 bactérias para alegar que a escala de SA = 2 π V(2/3) é onipresente entre as bactérias. Como observado, isso também sugere que uma proporção de ~4 é a regra para bactérias em forma de vara. Isso não é verdade. Como um exemplo, myxococcus xanthus tem uma proporção em torno de 7-8 e espiroquetas têm proporções de ~30! Mais importante ainda, as únicas espécies nem sempre mantêm a mesma proporção. In B. subtilis, the aspect ratio can vary between at least 3.8-8 (see Ilkanaiv et al., 2017). Por conseguinte, este modelo pode ser aplicável à E., coli (e possivelmente algumas outras bactérias), mas não é universal.
pedimos desculpa pelo mal-entendido, que pode ter sido desencadeado por uma falta de clareza na nossa apresentação. Em nossa submissão original, não afirmamos que a relação de aspecto 4:1, ou equivalentemente S = 2nV 2/3, é universal. Em vez disso, descobrimos que uma lei de escala’ universal ‘ s=yV2/3 é conservada entre espécies bacterianas em forma de vara ou coccóide, implicando a manutenção de uma relação de aspecto fixo (figura 1A E e, conjunto de dados expandido)., É realmente possível que diferentes bactérias tenham valores diferentes para γ. Por exemplo, na figura 1E (anteriormente 1G) mostramos que o coccoid S. aureus sob diferentes perturbações mantém a relação S = 4,92 V 2/3, implicando a preservação do mesmo fator de escala (2/3), mantendo uma relação de aspecto diferente (1.38 +/- 0.18). Na mesma figura (1E), agora mostramos dados para um total de 48 bactérias diferentes em forma de vara, e 1 Archaea em forma de vara (h. vulcanii), todos os quais seguem notavelmente a curva S = 2nV2/3.,
além disso, o nosso modelo também prevê como a relação de aspecto e largura da célula pode ser alterada alterando (k/kp) e (k/β), levando a células filamentosas ou esféricas, de acordo com os dados experimentais disponíveis. Na Figura 4 (Figura 2 anterior), mostramos que o nosso modelo prevê, de facto, a desagregação da razão de aspecto 4:1 na E. coli, sob perturbações FtsZ ou MreB.
no entanto, o revisor fez um excelente ponto de que as células filamentosas longas, tais como espiroquetas, não necessariamente conservam suas proporções de aspecto., Na figura 1E, agora também incluímos os dados para espiroquetas, como uma das exceções à regra s=yV2/3. Assim, retiramos o termo “universal” do título e abstrato do nosso artigo. O fato, no entanto, continua a ser que E. coli conservar notavelmente suas proporções sob perturbações de tamanho diversificado abrangendo duas ordens de magnitude (figura 1A), E assim como 50 outros tipos de células (figura 1E).motivados pelos comentários dos revisores 1 e 2, agora incluímos um esquema na figura 1D para ilustrar as relações de escala esperadas para diferentes formas bacterianas., As células filamentosas (Helicobacter, Espiroplasma, espiroquetas, Myxobacter) provavelmente seguiriam a relação SµV, enquanto que as células em forma de caccóide ou as células em forma de vara seguem a lei de escalação: SµV2/3.
Revisor #2:
neste estudo, os autores decidiram estudar o tamanho e a forma de uma vasta gama de células em forma de vara, recolhendo dados de imagem de pelo menos sete espécies diferentes e milhares até condições totais (genótipo x nutrientes x antibióticos)., Em todas estas condições, os autores encontram uma lei de escala simples para a razão superfície/volume, ou seja, uma escala que preserva a proporção da célula em aproximadamente 4:1. Dada esta observação, eles constroem um modelo simples, mecanicamente inspirado, quantitativo para o crescimento da célula. Usando este modelo, eles são capazes de afinar três parâmetros (k, kp, β) Para combinar uma coleção de knockdown genético e experiências de tratamento com antibióticos.,
compreender como a homeostase do tamanho e forma das células é mantida em todo o Reino bacteriano é um problema muito interessante e importante e estes autores devem ser elogiados por empurrar a comunidade para considerar que estes mecanismos podem ser conservados em uma ampla gama filogenética. No entanto, dado o extenso corpo de literatura já disponível sobre a homeostase tamanho/forma celular, e, em particular a revisão mencionada pelos autores por Harris e Theriot, a barra científica para o engajamento produtivo sobre este tema já é bastante alta., Muito do intelectual motivação para este trabalho parece seguir diretamente a partir da hipótese de Harris e Theriot que “Enquanto muitos estudos têm tratado de volume como a controlada ativamente parâmetro neste cenário, o trabalho recente sugere que é provável que a outra maneira ao redor, e que SA/V é ativamente regulamentado variável, com tamanho seguinte, juntamente conforme necessário .”O trabalho atual busca estender ou fornecer alternativas para os modelos mecanísticos apresentados em Harris e Theriot, bem como integrar dados adicionais em outras espécies., No entanto, uma vez que a ideia de conservação de escala SA/V não é nova, apelar para um público amplo como o de eLife exigiria a validação experimental de seu modelo mecanicista.
além das principais preocupações em torno da novidade, da central de hipótese e a validade do modelo mecanicista, existem algumas questões que os autores podem escolher a considerar:
agradecemos o revisor para resumir os principais aspectos do nosso trabalho e reconhecendo a importância do campo de estudo. A seguir, abordamos alguns dos principais comentários acima referidos., “extensive body of literature already available about cell size/shape homeostasis” – A lot of work has been done over the past five years on developing phenomenological models for cell size control. Modelos Fenomenológicos para a homeostase da forma celular bacteriana são tratados o controle do comprimento celular separadamente do controle da largura celular em bactérias em forma de vara. Nós fornecemos um modelo molecular para mostrar pela primeira vez que as dimensões das células bacterianas estão acopladas para preservar as proporções, ligando assim o campo do tamanho das células e a homeostase forma.,
“grande parte da força motriz intelectual para este trabalho parece seguir diretamente da hipótese de Harris e Theriot” – nosso modelo tira evidências de vários estudos experimentais recentes, enquanto questiona a hipótese de Harris e Theriot (HT). É importante reconhecer as principais distinções entre os dois modelos. O modelo HT não leva à conservação da escala S-para-V ou proporção, em vez disso leva a um modelo para o controle da largura celular (Eq. 3)., Ht model infers that S / V ratio is a function of growth media, such that cells reach a new homeostatic value of S / V upon perturbations in the growth rate. Aqui, em vez disso, propomos uma restrição muito mais forte que as células preservam a relação de escala, s = µV 2/3 (μ a constant) sob diversas perturbações de crescimento (~5000 condições) ao longo de ~50 diferentes espécies bacterianas. Além disso, o modelo HT é agnóstico sobre mecanismos moleculares. Aqui nós fornecemos um candidato molecular explícito (FtsZ) para o controle da forma bacteriana, de acordo com novas provas excitantes de Si et al., 2019., Juntos, nosso modelo integra o modelo adder para homeostase de tamanho celular com a regulação da razão S/V e FtsZ, fornecendo um quadro integrativo que prediz com sucesso o controle de forma bacteriana com apenas três parâmetros fisiológicos.
“a idéia de SA/V escala de conservação não é novo” – não Temos conhecimento de quaisquer outros estudos que propõem a conservação do dimensionamento relação S = µV 2/3 em condições de crescimento, nem fornecem um modelo para ele., Outros só mostraram evidências para a regulação da razão superfície-volume por taxa de crescimento, o que é uma consequência natural do nosso modelo (figura 1C).
“apelar para um público amplo como o de eLife exigiria a validação experimental de seu modelo mecanicista – – nosso modelo é fortemente baseado em dados experimentais (ver figuras 1-4), e nós comparamos nossas previsões modelo extensivamente a dados experimentais, ao longo do manuscrito., Como não somos um laboratório experimental, compilamos dados de vários laboratórios diferentes para mostrar que o nosso modelo é consistente com todos os dados de forma celular disponíveis em ~50 espécies bacterianas e ~5000 condições de crescimento para E. coli. Nós definitivamente bem-vindos sugestões para testar nosso modelo ainda mais.,
os Principais pontos:
1), Os autores devem explicar claramente como a sua mecanicista modelo contrasta com a parede da célula focada no modelo proposto por Harris e Theriot e deve esforçar-se para propor experimentos com resultados previstos que iria diferenciar um peptidoglycan modelo centralizado a partir de uma FtsZ modelo centralizado. Se os dados já existem para excluir um deles, isso deve ser claramente apresentado.,
concordamos com o revisor que a discussão mais clara do contraste entre o nosso modelo e o de Harris/Theriot deve ser articulada no manuscrito. No manuscrito revisto, expandimos a discussão para destacar as principais diferenças entre estes dois modelos.
acima de tudo entre a comparação é que Harris e Theriot propõe uma regulação homeostática de S / V de uma maneira dependente da taxa de crescimento. Enquanto nós propomos uma restrição geométrica muito mais forte que a relação de escala S = µV 2/3 é preservada independente da taxa de crescimento., Este resultado, no entanto, não contradiz o modelo de Harris/Theriot.
Em segundo lugar, Harris e Theriot propuseram um modelo onde as células se dividem uma vez que uma quantidade limite de excesso de material de superfície, ΔA, é acumulada na célula. A partir deste modelo segue – se que, ΔA = ΔV (β/k-2/r) = constante, em que r é o raio celular da secção transversal. Isto, por sua vez, está em contradição com os dados experimentais (Figura 1).,em terceiro lugar, podemos realmente propor vários testes experimentais para o nosso modelo, como realçado no manuscrito revisto:
– O Nosso modelo iria prever que a sobreexpressão do FtsZ conduz a minicells, enquanto a supressão do FtsZ iria induzir fenótipos alongados (figura 4A). Estas previsões são consistentes com os dados de Potluri et al., 1999, e Zheng et al., 2016.
– oscilações na quantidade de FtsZ levariam a oscilações do tamanho das células, de acordo com novos dados de Si et al., 2019.
– abundância Total de escalas FtsZ com diâmetro celular, de acordo com dados de Shi et al., 2017.,
– prevemos ainda que a knockdown do FtsZ iria quebrar a preservação das proporções, enquanto que os precursores das paredes celulares alterariam a taxa de crescimento, mas não alterariam as proporções ou a relação de escala S = µV 2/3. Figura 4-suplemento 1C figura a escala superfície-volume para as células de E. coli tratadas com Fosfomicina que visam a biogénese Da Parede Celular (afectando a biogénese da parede celular) e a depleção de FtsZ. Descobrimos que as células tratadas com Fosfomicina preservam a escala S~V2/3, enquanto a depleção FtsZ quebra a escala S~V2/3., Este é um claro contraste entre o papel dos precursores da parede celular e FtsZ no controle da forma celular, implicando que um modelo baseado em precursor da parede celular por si só não é suficiente para explicar as mudanças de forma.
Como um exemplo, os autores mostram que o ajuste de um parâmetro (kp) é consistente com o experimental noção de derrubar a produção de FtsZ. No entanto, não conseguem demonstrar se existe acordo quantitativo entre a taxa de produção das FtsZ e o montante que esperam ter de alterar a kp (40%).,
nosso modelo prevê que uma redução na taxa de produção de FtsZ para 40% da WT leva a fenótipo observado em Zheng et al., 2016. Isto é consistente com a redução do ARNm relativo para ~ 40%, correspondendo à adição de 3 ng/ml de aTc (figura 2B do Zheng et al.). Comentamos isso em nosso manuscrito e agradecemos ao revisor por apontar isso.,
2) The use of ‘universal’ in the paper’s title significantly oversells of the width of species included in the observations and a power law describing data which spained roughly one order of magnitude. Embora os autores incluam uma grande coleção de dados, a coleção está longe de ser abrangente para todos os dados de tamanho/forma disponíveis e os autores não indicam claramente por que eles se limitaram aos dados que eles fizeram., Uma pesquisa de literatura rápida revela evidências anedóticas de tamanhos bacterianos que são muito menores do que um micron como Brevundimonas (PDA J Pharm Sci Technol. 2002 Mar-Abr; 56(2):99-108.) a quase um milímetro de comprimento Epulopiscium (J. Protozoal., 35 (4), 1988, pp. 565-569). Concedido, estas publicações podem não ter o mesmo tipo de dados necessários para integrá-lo diretamente em seu modelo, mas para uma discussão da “universal escala’, os autores devem empurrar-se para cobrir tão grande de um comprimento de escala possível., Ao escolher um conjunto de espécies para inclusão neste estudo, parece que a comunidade microbiológica já pode ter escolhido uma razão de aspecto de cerca de 4:1 em sua definição de bactérias em forma de vara. Por exemplo, as células que têm uma relação de aspecto muito mais Curta são dadas o termo ovóide ou lancet (Streptococcus pneumoniae) ou esférico (Staphylococcus aureus incluído aqui) e aqueles que são muito mais longos são chamados filamentosos (Sphaerotilus natans)., Contraditoriamente, esses autores não incluem espécies que têm sido tradicionalmente classificados como haste em forma de células, com um tempo maior proporção, tais como (Helicobacter, Spiroplasma, Espiroquetas, Myxobacter).
abordamos este ponto em resposta ao primeiro revisor. Ambos os revisores levantaram um ponto pertinente de que células filamentosas longas, tais como espiroquetas, não conservam necessariamente as suas proporções de aspecto. Na figura 1E, agora incluímos dados de forma disponíveis para espiroquetas, como uma das exceções à regra S=yV 2/3., Assim, retiramos o termo “universal” do título e abstrato do nosso artigo. O fato, no entanto, permanece que as bactérias em forma de vara (E. coli) conservam notavelmente suas proporções sob perturbações de tamanho diversificado abrangendo duas ordens de magnitude (figura 1A).
Na Figura 1E, expandimos agora o conjunto de dados para cobrir duas ordens de magnitude, incluindo 49 espécies bacterianas em forma de vara diferentes e 1 Archea em forma de vara. Todos eles estão na curva S = yV 2/3, confirmando as nossas previsões. Além disso, também expandimos o E., conjunto de dados de coli em mais 30 condições de crescimento de nutrientes (Gray et al., 2019), confirmando nossa declaração inicial de homeostase de proporção.
estamos gratos ao revisor por fornecer os artigos relatando drástica gama de volume em bactérias que abrangem 2 ordens de magnitude. As bactérias que incluímos na figura 1E são as que são conhecidas por divisão usando máquinas FtsZ durante a fissão binária. Trata-se de manter a coerência com o nosso modelo que se baseia no regulamento FtsZ. Por esta razão, não incluímos o Epulopiscium em nossa análise., Nós também não incluímos Sphaerotilus natans em nosso gráfico porque nós não poderíamos encontrar boas medidas de forma para ele. Em linha com o do revisor comentários que foram agora incluídos mais filamentos de células na Figura 1E. Temos também introduziu um novo desenho animado na Figura 1D, mostrando como os longos filamentos de células que mantêm a sua largura constante, teria uma diferente escala lei S~V.
3) eu não estou inteiramente convencido de que o universal escala se aplica dentro da única célula de dados (Figura 1D)., Ao traçar os dados de uma única célula a partir de uma variedade de experimentos, a gama dos dados parece colocar uma maior prioridade nas médias. No entanto, dentro de cada condição parece haver desvios claros da “razão de aspecto único”, consistente com o modelo de crescimento de células únicas do autor que as células crescem sem alterar o seu diâmetro antes de se dividirem. Isto deve resultar em um fator aproximadamente de duas mudanças na proporção do nascimento para a divisão. Penso que é a isto que os autores se referem no quarto parágrafo da introdução, mas que deveriam discutir mais aprofundadamente.,
In our original submission, we had already explored in detail the deviation from 2/3 scaling in the single-cell data (Figure 2—figure supplement 1A-B). A principal razão para o desvio da escala de 2/3 vem de grandes flutuações no comprimento recém-nascido para uma dada largura de bactérias. Usando nosso modelo, podemos explicar quantitativamente o desvio da escala universal incorporando flutuações experimentalmente medidas na largura e comprimento das células, de acordo com dados experimentais., Tentámos agora explicá-lo melhor no manuscrito e na legenda suplementar.
4) não entendo a figura 2B. Em particular, o binning dos dados que pude encontrar em Taheri-Araghi et al., 2015, é binned pelo tamanho das células no nascimento, não a taxa de crescimento celular individual. Além disso, os autores não descrevem como eles vão a partir dos dados em Taheri-Araghi et al., 2015, aos dados da figura 2B, mas pode ser que tenham obtido os dados brutos dos autores e realizado um novo tipo de análise., Em caso afirmativo, deve ser incluída uma descrição deste processo.
fomos gentilmente fornecidos com os dados brutos para a largura e comprimento de células únicas em várias taxas de crescimento (condições) pelo Suckjoon Jun lab. Nós reanalisamos os dados, realizamos o binning necessário e a análise. Afirmámo-lo claramente no apêndice e em cada legenda.
5) não estou claro por que os dados de knockdown do Mreb e do FtsZ de Si et al. está incluído na figura 1A em massa, mas os dados de knockdown do MreB e do FtsZ de Zheng et al., é tratada como uma experiência completamente separada. Se a abordagem que estes dois estudos usaram foi diferente, pode ser útil explicar por que alguns dados são incluídos em um lugar e outros não.
por consistência, agora plotamos os dados de knockdown do Mreb e do FtsZ de Si et al. na figura 4B, os dados relativos ao impacto de Si et al. cobrir uma pequena gama dinâmica para que seja difícil extrair uma tendência clara a partir destes dados sozinho. Isto é presumivelmente porque as células nesses experimentos knockdown foram cultivadas em meios de crescimento lento (MOPS glucose + 6 a. a., Com taxa de crescimento ~0. ,75 h-1) e pequenas perturbações, enquanto os dados de Zheng et al. que mostram mudanças drásticas na forma celular (figura 4B) são obtidas de experimentos em meios ricos (RDM + glicose, com taxa de crescimento 1.6 h-1) e grandes perturbações. A tendência em Si et al. parece ser consistente com os de Zheng et al.
https://doi.org/10.7554/eLife.47033.015
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