Den mekanistiska eller molekylär ursprung bakteriell bildförhållande kontroll har varit ett olöst problem för mer än fyra decennier (se t ex Zaritsky,2015; Zaritsky, 1975). I vårt manuskript tillhandahåller vi den första biofysiska modellen för bildförhållande homeostas i stavliknande bakterier och belyser den underliggande molekylära mekanismen som kommer att informera framtida experimentella studier., Våra resultat Driver fältet ”bakteriell cellstorlekskontroll” till en ny riktning, som hittills har fokuserat på individuell kontroll av cellvolym, längd eller bredd, och försummar hur bakteriell längd och bredd är kopplade för att ge upphov till stavliknande cellformer.
för att stödja vår modell samlade vi ett stort antal cellformdata (~5000-villkor) från många olika laboratorier, vilket faktiskt bekräftar att bildförhållandet bevaras i E. coli (och 7 andra organismer) under många olika störningar i tillväxtförhållandena (Figur 1)., Viktigt, vår modell förutspår också under vilka förhållanden E. coli-celler kan avvika från deras homeostatiska bildförhållande på 4: 1, och vi testade våra kvantitativa förutsägelser för filamentösa och sfäriska cellformer mot experimentella data (Figur 2). Därför handlar vår avhandling inte enbart om upprätthållandet av 4: 1-bildförhållande i E. coli, men mer allmänt om kontrollen av bakteriecellformer under många olika störningar.
det framgår av granskarens kommentarer att de viktigaste frågorna med vårt manuskript ligger i presentationen av resultat (t. ex., ”universalitet”), och oro över nyheten i vår modell i samband med tidigare studier. Detta beror delvis på otillräcklig kommunikation från vår sida. Efter att ha noggrant läst och övervägt granskarens kommentarer tror vi att en förbättring av presentationen av våra resultat, en ökad tydlighet i skrivandet och en utökad beskrivning av modellen kommer att ta itu med alla granskare kommentarer noggrant och fullständigt.
granskare #1:
detta manuskript sammanställer data om längd, bredd och tillväxttakt för E., coli under ett antal experimentella störningar, såsom förändringar i tillväxtmedium, inkubation i antibiotika, inhiberad proteinsyntes, etc. och visar att ytarean till volymförhållandet är starkt bevarat. Detta resultat överensstämmer med det senaste arbetet från Julie Theriots grupp (som citeras i Harris och Theriot, 2016; 2018). I detta manuskript lägger författarens också till data från andra stavformade bakterier som visar liknande beteende (figur 1g)., Författarna använder detta resultat för att utveckla en modell för reglering av bildförhållande som bygger på exponentiell tillväxt av bakterielängden vid fast bredd, FtsZ-produktion i en takt som är proportionell mot volymtillväxthastigheten (vilket genom att anta konstant bredd förutsätter också att FtsZ-produktionen är proportionell mot längdtillväxthastigheten) och division som uppstår när FtsZ-produktionen når ett kritiskt värde som är proportionellt mot bredden. Denna modell förutspår ett konstant bildförhållande och författarna fortsätter sedan att förutsäga dynamiken under impulstypstörningar.,
Vi uppskattar den kortfattade sammanfattningen av vårt arbete. Medan våra resultat överensstämmer med en ny modell som föreslagits av Julie Theriots grupp är det viktigt att notera nyckelskillnaden: Harris och Theriot visade att stavformade bakterier (E. coli, C. crescentus) upprätthåller ett homeostatiskt förhållande mellan yta och volym (S/V) på ett tillväxtfrekvensberoende sätt. Här upptäcker vi en mycket starkare geometrisk begränsning att bakterier (särskilt E. coli) upprätthåller förhållandet s=yV2/3 (med konstant γ), oberoende av tillväxttakten., Dessutom Harris och Theriot modellen inte leder till bildförhållande kontroll som behandlas i svar på en kommentar från Granskare #2.
Jag har två huvudsakliga problem med manuskriptet.
För det första är modellens enda nyhet antagandet att det finns en kritisk mängd FtsZ som krävs för att dela cellen och att detta beror på bredden. Jag anser att detta är ett rimligt antagande, men jag anser också att de övergripande resultaten är ganska uppenbara. Det är inte klart att modellen ger ett betydande framsteg i vår förståelse.,
vår modell och analys utökar det nuvarande tillståndet för förståelse på många sätt:
– Vi tillhandahåller den första biofysiska modellen för kontroll av bildförhållande i bakterier och identifierar det molekylära ursprunget. Vi stöder vår modell genom stora populationsmätningar (~5011 tillväxtförhållanden i E. coli, 50 olika bakteriearter) och enstaka cellmätningar i modermaskin (n ~ 80,000). Varför E. coli-celler upprätthåller ett konstant bildförhållande har varit förbryllande i mer än ett halvt sekel (Zaritsky, 1975; Zaritsky, 2015), utan någon tidigare befintlig modell.,
– modellen för bildförhållande homeostas ger ett konceptuellt språng inom området för bakteriecellstorlekskontroll, genom att visa att tillsatt celllängd för rod – liknande celler är kopplad till deras diameter. Tidigare fenomenologiska modeller behandlade celllängd och diameter som oberoende kontrollvariabler (Taheri-Araghi et al. Till 2015 , Harris och Theriot, 2016).
– Vi tror att det inte är uppenbart att E. coli-celler bevarar deras aspektförhållanden under många störningar i näringsförhållandena, ribosomer, proteinöveruttryck eller radering (Figur 1A)., Vår modell identifierar inte bara att upprätthållandet av bildförhållande framträder från balanserad biosyntes av tillväxt och divisionsproteiner (k / kP-konstant), men förutspår också under vilka störningar celler kan avvika från deras homeostatiska bildförhållande på 4:1 (Figur 4). Vi tillhandahåller en kvantitativ, experimentellt testbar modell för cellformskontroll som går utöver bara regleringen av FtsZ kinetik.,
som sagt, det finns också ett litet problem med modellen, eftersom vi skulle förvänta oss att bindningsgraden för FtsZ beror på förhållandet mellan yta och volym (vilket visar sig inte vara viktigt, eftersom författarna slutar göra antaganden om att ringen är byggd är lika med proteinproduktionshastigheten).
det är oklart varför FtsZ-bindningshastigheten bör bero på S / V. kursekvationerna formuleras i termer av mängden av den ytbundna och cytoplasmiska FtsZ, och inte deras koncentrationer., Om endast kursekvationerna formulerades i termer av koncentrationen av cytoplasmatiska (C) och ytbundna proteiner (cr), skulle ökningstakten i ytbunden koncentration av FtsZ naturligtvis bero på S/V.
dcrdt=kcr+kbVSc-kdcr
För det andra, om vi skulle överväga förändringar i FtsZ-bindningshastighet med S/V, visar våra simuleringar att detta har försumbar effekt på bildförhållandet. För stavformade celler, s / v ~1 / w i den första approximationen, där w är cellbredd. Eftersom en cellcykelbredd inte förändras, förblir s / V ungefär konstant (ny figur 4—figur tillägg 1A)., Om bakteriens bredd förändras på grund av förändringar i tillväxtförhållandena kan den totala bindningshastigheten påverkas av (S/V) eftersom området för Z-ringen = δw ~δ/(S/V), där δ är sidobredden för FtsZ-ringen. E. coli bredd förändringar i olika tillväxtbetingelser från cirka 0,5 till 1 µm (Taheri-Araghi et al., 2015), så S / V kan förändras med en maximal faktor på 2. För att ta itu med effekten av förändringar i bindningsgraden simulerade vi vår dynamiska modell genom att ändra förhållandet kb / kd över 4 storleksordning., Figuren i Figur 4-figur tillägg 1B visar beroendet av cellulärt nyfött bildförhållande (n = 10000, under steady-state tillväxt) på kb/kd. I gränsen kb >>KD, Bildförhållande~4 som förväntat. Men faktorn 2 förändring även för gränslinjen fallet kb / kd = 10, har försumbar inverkan på cell bildförhållande.
men som granskaren noterade, graden av FtsZ rekrytering till Z-ringen (~10s, Soderstrom et al. Nat Commun 2018) är mycket snabbare än tillväxten., Som ett resultat bestäms den hastighet vid vilken ringen är byggd av produktionshastigheten för FtsZ i cytoplasman.
Observera också att det finns ett stavfel i ekvationen fordPrdt, som har KD multiplicera båda priserna.
vi korrigerade stavfelet i manuskriptet och tackar granskaren för att han påpekade detta.
andra, och viktigare, är att medan resultaten matchar bra med data, Det finns ett antal aspekter av presentationen som är vilseledande. Titeln hävdar att resultaten/modellen som presenteras här är universella., I Figur 1G väljer författarna 7 bakterier för att hävda att skalningen av SA = 2 π V(2/3) är allestädes närvarande bland bakterier. Som noterat föreslår detta också att ett bildförhållande på ~4 är regeln för stavformade bakterier. Detta är inte sant. Som ett exempel har myxococcus xanthus ett bildförhållande runt 7-8 och spirochetes har bildförhållanden på ~30! Ännu viktigare är att enstaka arter inte alltid upprätthåller samma bildförhållande. I B. subtilis kan bildförhållandet variera mellan minst 3, 8 – 8 (SE Ilkanaiv et al., 2017). Därför kan denna modell vara tillämplig på E., coli (och eventuellt några andra bakterier), men det är inte universellt.
Vi ber om ursäkt för missförståndet, vilket kan ha utlösts av brist på klarhet i vår presentation. I vår ursprungliga inlämning hävdade vi inte att 4: 1-bildförhållandet, eller likvärdigt s = 2nV 2/3, är universellt. I stället fann vi att en ”universell” skalningslag s = yV2/3 bevaras bland stavformade eller cockoida bakteriearter, vilket innebär upprätthållandet av ett fast bildförhållande (Figur 1A och E, dataset expanderat)., Det är verkligen möjligt för olika bakterier att ha olika värden för γ. Till exempel, i Figur 1E (tidigare 1G) visar vi att coccoid S. aureus under olika störningar upprätthåller relationen s = 4.92 V 2/3, vilket innebär bevarande av samma skalningsfaktor (2/3) samtidigt som ett annat bildförhållande bibehålls (1.38 +/- 0.18). I samma figur (1E) visar vi nu data för totalt 48 olika stavformade bakterier och 1 stavformad Archaea (H. vulcanii), som alla anmärkningsvärt följer kurvan s = 2nV2/3.,
vidare förutspår vår modell också hur bildförhållandet och cellbredden kan ändras genom att ändra (k/kp) och (k / β), vilket leder till filamentösa eller sfäriska celler, i samförstånd med tillgängliga experimentella data. I Figur 4 (tidigare Figur 2) visar vi att vår modell faktiskt förutspår nedbrytningen av 4:1-bildförhållandet i E. coli under FtsZ eller MreB-störningar.
granskaren har dock gjort en utmärkt punkt att långa filamentösa celler, såsom spiroketer, inte nödvändigtvis sparar sina bildförhållanden., I Figur 1E inkluderar vi nu också data för Spirochetes, som ett av undantagen från regeln s=yV2/3. Vi har därför tagit bort termen ”universell” från titeln och abstrakten i vårt papper. Faktum kvarstår dock att E. coli anmärkningsvärt sparar sina bildförhållanden under olika storlek störningar som spänner över två storleksordningar (Figur 1A) och det gör 50 andra celltyper (figur 1E).
motiverad av kommentarerna från granskarna 1 och 2 innehåller vi nu ett schematiskt i Figur 1D för att illustrera de förväntade skalningsförhållandena för olika bakterieformer., Filamentösa celler (Helicobacter, Spiroplasma, spiroketer, Myxobacter) skulle sannolikt följa relationen SµV, medan coccoid eller de stavformade cellerna följer skalningslagen: SµV2/3.
recensent #2:
i denna studie bestämde författarna sig för att studera storleken och formen på ett brett spektrum av ”stavformade” celler genom att samla in bilddata från minst sju olika arter och tusentals till totala förhållanden (genotyp x näringsämnen x antibiotika)., Under alla dessa förhållanden finner författarna en enkel skalningslag till ytan / volymförhållandet, nämligen en skalning som bevarar cellens bildförhållande vid ungefär 4:1. Med tanke på denna observation bygger de en enkel, mekanistiskt inspirerad, kvantitativ modell för cellens tillväxt. Med hjälp av denna modell kan de ställa in tre parametrar (k, kp, β) för att matcha en samling genetiska knockdown och antibiotikabehandlingsexperiment.,
att förstå hur cellstorlek och form homeostas upprätthålls i hela bakterieriket är ett mycket intressant och viktigt problem och dessa författare bör lovordas för att driva samhället för att överväga att dessa mekanismer kan bevaras över ett brett fylogenetiskt intervall. Men med tanke på den omfattande litteraturen som redan finns tillgänglig om cellstorlek / formhomeostas, och i synnerhet den granskning som författarna nämnde av Harris och Theriot, är den vetenskapliga baren för produktivt engagemang i detta ämne redan ganska hög., Mycket av den intellektuella drivkraften för detta arbete verkar följa direkt från hypotesen från Harris och Theriot att ”medan många studier har behandlat volym som den aktivt kontrollerade parametern i detta scenario, tyder vårt senaste arbete på att det sannolikt är tvärtom, och att SA/V är den aktivt reglerade variabeln, med storlek efter vid behov .”Det nuvarande arbetet syftar till att utöka eller tillhandahålla alternativ för de mekanistiska modeller som presenteras i Harris och Theriot samt integrera ytterligare data i andra arter., Men med tanke på att idén om sa/V skalning bevarande inte är ny, tilltalande för en bred publik som eLife skulle kräva experimentell validering av deras mekanistiska modell.
förutom kärnproblemen kring nyhet av den centrala hypotesen och giltigheten av den mekanistiska modellen finns det några frågor som författarna kan välja att överväga:
Vi tackar granskaren för att sammanfatta de viktigaste aspekterna av vårt arbete och erkänna vikten av studieområdet. Nedan tar vi upp några av de viktigaste kommentarerna ovan., ”omfattande litteratur som redan finns om cellstorlek / form homeostas – – mycket arbete har gjorts under de senaste fem åren på att utveckla fenomenologiska modeller för cellstorlekskontroll. Fenomenologiska modeller för homeostas av bakteriecellform behandlas kontrollen av celllängden separat från kontrollen av cellbredden i stavformade bakterier. Vi tillhandahåller en molekylär modell för att för första gången visa att bakteriecellens dimensioner är kopplade för att bevara bildförhållandet och därigenom länka fältet för cellstorlek och formhomeostas.,
”mycket av den intellektuella drivkraften för detta arbete verkar följa direkt från hypotesen från Harris och Theriot” – vår modell drar bevis från flera senaste experimentella studier, samtidigt som man ifrågasätter Harris och Theriot (HT) hypotesen. Det är viktigt att känna igen de viktigaste skillnaderna mellan de två modellerna. HT-modellen leder inte till bevarande av S-till-V skalning eller bildförhållande, utan det leder till en modell för kontroll av cellbredd (Eq. 3)., HT-modellen förklarar att s / V-förhållandet är en funktion av tillväxtmedia, så att celler når ett nytt homeostatiskt värde av S / V vid störningar i tillväxttakten. Här föreslår vi istället en mycket starkare begränsning att celler bevarar skalningsförhållandet, s = µV 2/3 (μ a konstant) under olika tillväxtstörningar (~5000 förhållanden) över ~50 olika bakteriearter. Dessutom är HT-modellen agnostisk om molekylära mekanismer. Här tillhandahåller vi en explicit molekylär kandidat (FtsZ) för bakterieformskontroll, i samförstånd med spännande nya bevis från Si et al., 2019., Tillsammans integrerar vår modell adder-modellen för cellstorlek homeostas med reglering av S / V-förhållande och FtsZ, vilket ger en integrativ ram som framgångsrikt förutspår bakteriell formkontroll med endast tre fysiologiska parametrar.
”idén om sa / V skalning bevarande är inte Ny – – vi är inte medvetna om några andra studier som föreslår bevarande av skalningsförhållandet s = µV 2/3 över tillväxtförhållanden, inte heller ge en modell för det., Andra har bara visat bevis för reglering av ytvolymförhållandet efter tillväxttakt, vilket är en naturlig följd av vår modell (figur 1C).
”att vädja till en bred publik som eLife skulle kräva experimentell validering av deras mekanistiska modell” – vår modell är tätt grundad i experimentella data (se figurerna 1-4), och vi jämför våra modellprognoser i stor utsträckning med experimentella data, genom hela manuskriptet., Eftersom vi inte är ett experimentellt laboratorium har vi sammanställt data från ett antal olika laboratorier för att visa att vår modell överensstämmer med alla tillgängliga cellformdata över ~50 bakteriearter och ~5000 tillväxtförhållanden för E. coli. Vi välkomnar definitivt förslag för att testa vår modell ytterligare.,
viktiga punkter:
1) författarna bör tydligt förklara hur deras mekanistiska modell kontrasterar med cellväggen fokuserad modell föreslagits av Harris och Theriot och bör sträva efter att föreslå experiment med förutspådda resultat som skulle skilja en peptidoglykan centrerad modell från en FtsZ centrerad modell. Om uppgifterna redan finns för att utesluta en av dem, bör detta tydligt presenteras.,
vi håller med granskaren om att tydligare diskussion om kontrasten mellan vår modell och Harris / Theriot ska ledas i manuskriptet. I det reviderade manuskriptet har vi utökat diskussionen för att belysa de viktigaste skillnaderna mellan dessa två modeller.
främst bland jämförelsen är att Harris och Theriot föreslår en homeostatisk reglering av S/V på ett tillväxttaktberoende sätt. Medan vi föreslår en mycket starkare geometrisk begränsning att skalningsförhållandet s = µV 2/3 bevaras oberoende av tillväxttakten., Detta resultat strider dock inte mot modellen av Harris / Theriot.
För det andra föreslog Harris och Theriot en modell där celler delar en gång en tröskelmängd av överskott av ytmaterial, ΔA, ackumuleras i cellen. Av denna modell följer att ΔA = ΔV (β/k – 2/r) = konstant, där r är tvärsnittets cellradie. Detta i sin tur 1, vilket strider mot experimentella data (Figur 1).,
För det tredje kan vi faktiskt föreslå flera experimentella tester för vår modell, vilket framhävs i det reviderade manuskriptet:
– vår modell skulle förutsäga att FtsZ-överexpression leder till miniceller medan FtsZ-radering skulle inducera långsträckta fenotyper (figur 4A). Dessa förutsägelser överensstämmer med data från Potluri et al., 1999, och Zheng et al., 2016.
– oscillationer i FtsZ mängd skulle leda till cellstorlek oscillationer, i samförstånd med nya data från Si et al., 2019.
– Total överflöd av FtsZ-skalor med celldiameter, i samförstånd med data från Shi et al., 2017.,
– Vi förutspår vidare att FtsZ knockdown skulle bryta bildförhållandet bevarande, medan inriktning cellväggsprekursorer skulle ändra tillväxttakten, men inte ändra bildförhållande eller skalningsförhållandet s = µV 2/3. Figur 4-figur tillägg 1C visar yta-till-volym skalning för E. coli-celler behandlade med Fosfomycin som riktar MurA (påverkar cellväggen biogenes) och FtsZ utarmning. Vi finner att Fosfomycinbehandlade celler bevarar s~V2/3-skalningen, medan FtsZ-utarmningen bryter S ~ V2/3-skalningen., Detta är en tydlig kontrast mellan cellväggsprekursorernas roll och FtsZ på cellformkontroll, vilket innebär att en cellväggsprekursorbaserad modell ensam inte är tillräcklig för att redovisa formförändringar.
som ett sådant exempel visar författarna att tuning one parameter (kp) överensstämmer med det experimentella begreppet att slå ner produktionen av FtsZ. De visar emellertid inte om det finns en kvantitativ överenskommelse mellan FtsZ: s produktionstakt och det belopp som de förväntar sig att behöva ändra kp (40%).,
vår modell förutspår att en minskning av FtsZ produktionshastighet till 40% av WT leder till observerad fenotyp i Zheng et al., 2016. Detta är i överensstämmelse med minskning av relativ mRNA till ~ 40%, motsvarande tillägg av 3 ng/ml aTc (Figur 2B av Zheng et al.). Vi kommenterar detta i vårt manuskript och tackar granskaren för att han påpekade detta.,
2) användningen av ”universal” i papperets Titel övervakar avsevärt bredden av arter som ingår i observationerna och en kraftlag som beskriver data som sträcker sig ungefär en storleksordning. Medan författarna innehåller en stor samling data är insamlingen långt ifrån omfattande för alla storlekar/formdata tillgängliga och författarna anger inte tydligt varför de begränsade sig till de data de gjorde., En snabb litteratursökning avslöjar anekdotiska bevis på bakteriestorlekar som är mycket mindre än ett mikron som Brevundimonas (PDA J Pharm Sci Technol. 2002 Mar-Apr;56(2):99-108.) till nästan en millimeter i längd Epulopiscium (J. Protozoal., 35(4), 1988, s. 565-569). Dessa publikationer kanske inte har samma typ av data som behövs för att integrera den direkt i sin modell, men för en diskussion om den ”universella skalningen” bör författarna driva sig för att täcka så stor längd som möjligt., När man väljer en uppsättning arter för inkludering i denna studie verkar det som att mikrobiologiska samhället redan har valt ett bildförhållande på ca 4:1 i sin definition av stavformade bakterier. Till exempel ges celler som har ett mycket kortare bildförhållande termen ovoid eller lancet (Streptococcus pneumoniae) eller sfärisk (Staphylococcus aureus ingår här) och de som är mycket längre kallas filamentösa (Sphaerotilus natans)., Förvirrande inkluderar dessa författare inte arter som traditionellt har klassificerats som stavformade celler med ett längre bildförhållande som (Helicobacter, Spiroplasma, Spirochetes, Myxobacter).
Vi tar upp denna punkt som svar på den första granskaren. Båda granskarna har tagit upp en relevant punkt att långa filamentösa celler, såsom spiroketer, inte nödvändigtvis sparar sina bildförhållanden. I Figur 1E innehåller vi nu tillgängliga formdata för spiroketer, som ett av undantagen från regeln s=yv 2/3., Vi har därför tagit bort termen ”universell” från titeln och abstrakten i vårt papper. Faktum kvarstår emellertid att stavformade bakterier (E. coli) anmärkningsvärt bevarar sina bildförhållanden under olika storlek störningar som spänner över två storleksordningar (Figur 1A).
i Figur 1E har vi nu utökat datauppsättningen för att täcka två storleksordningar genom att inkludera 49 olika stavformade bakteriearter och 1 stavformad Archea. Alla ligger på kurvan s=yV 2/3, vilket bekräftar våra förutsägelser. Dessutom har vi också utökat E., coli dataset av 30 fler näringsämnestillväxtförhållanden (Gray et al., 2019), bekräftar vår första uttalande av bildförhållande homeostas.
Vi är tacksamma för granskaren för att tillhandahålla papper som rapporterar drastiska volymintervall i bakterier som spänner över 2 storleksordningar. Bakterier som vi inkluderar i Figur 1E är de som är kända dela med FtsZ maskiner under binär fission. Detta är att upprätthålla överensstämmelse med vår modell som bygger på FtsZ reglering. Av denna anledning inkluderade vi inte Epulopiscium i vår analys., Vi inkluderade inte heller Sphaerotilus natans i vårt diagram eftersom vi inte kunde hitta bra formmätningar för det. I linje med granskarens kommentarer har vi nu inkluderat längre filamentösa celler i Figur 1E. vi har också introducerat en ny tecknad film i Figur 1D som visar hur länge filamentösa celler som håller sin bredd konstant, skulle ha en annan skalningslag s~v.
3) Jag är inte helt övertygad om att den universella skalningen gäller inom enskilda celldata (figur 1D)., Genom att rita de enskilda celldata från en mängd olika experiment, intervallet av data verkar sätta en större prioritet på medelvärdena. Men inom varje tillstånd verkar det finnas tydliga avvikelser från ”single aspect ratio”, i överensstämmelse med författarens enda celltillväxtmodell som celler växer utan att ändra deras diameter innan de delas. Detta bör resultera i en ungefärlig faktor av två förändring i bildförhållande från födsel till uppdelning. Jag anser att detta är vad författarna hänvisar till i fjärde stycket i inledningen, men borde diskutera mer fullständigt.,
i vår ursprungliga inlämning hade vi redan i detalj utforskat avvikelsen från 2/3 skalning i encellsdata (Figur 2-Figur tillägg 1A—B). Den främsta orsaken till avvikelsen från 2/3 skalning kommer från stora fluktuationer i nyfödd längd för en given bredd av bakterier. Med vår modell kan vi kvantitativt förklara avvikelsen från den universella skalningen genom att införliva experimentellt uppmätta fluktuationer i cellbredd och längd, i samförstånd med experimentella data., Vi har nu försökt att förklara detta bättre i manuskriptet och i den kompletterande bildtexten.
4) Jag förstår inte alls Figur 2B. I synnerhet Binningen av de uppgifter som jag har kunnat hitta i Taheri-Araghi et al., 2015, är bunden av storleken på celler vid födseln, inte den individuella celltillväxthastigheten. Ytterligare författarna beskriver inte hur de går från data i Taheri-Araghi et al., 2015, till uppgifterna i Figur 2B, men det kan vara att de fick rådata från författarna och utförde en ny typ av analys., Om så är fallet bör en beskrivning av denna process ingå.
vi fick vänligt rådata för enkelcellsbredd och längd vid olika tillväxttakt (villkor) av Suckjoon Jun lab. Vi analyserade om uppgifterna, utförde den nödvändiga Binningen och analysen. Vi har tydligt angett detta i bilagan och i varje figur bildtext.
5) jag är osäker om varför MreB och FtsZ knockdown data från Si et al. ingår i bulk Figur 1A data, men den MreB och FtsZ knockdown data från Zheng et al., behandlas som ett helt separat experiment. Om det tillvägagångssätt som dessa två studier använde var annorlunda kan det vara bra att förklara varför vissa data ingår på ett ställe och andra inte är det.
För konsekvens, att vi nu tomt MreB och FtsZ knockdown data från Si et al. i Figur 4B. Knockdown data från Si et al. täck ett litet dynamiskt område så det är svårt att extrahera en tydlig trend från dessa data ensam. Detta beror förmodligen på att celler i dessa knockdown experiment odlades i långsam tillväxt media (MOPS glukos + 6 A. A., med tillväxt ~0.,75 h-1) och mindre störningar, medan data från Zheng et al. som visar drastiska cellformförändringar (figur 4B) erhålls från experiment på rika medier (RDM + glukos, med tillväxttakt 1.6 h-1) och stora störningar. Trenden i Si et al. verkar överensstämma med dem i Zheng et al.
https://doi.org/10.7554/eLife.47033.015
Lämna ett svar