Viele Proteine „binden“ DNA durch positiv geladene Aminosäuren auf ihren Oberflächen. Um jedoch signifikante energetische und topologische Hindernisse zu überwinden, können Proteine, die DNA biegen oder verpacken, auch die Steifheit modulieren, die durch Abstoßungen zwischen Phosphaten innerhalb der DNA erzeugt wird., Viele frühere Arbeiten beschreiben, wie Ionen die Flexibilität von DNA in Lösung verändern, aber wenn man Makromoleküle wie Chromatin betrachtet, in denen die DNA den Nukleosomkern bei jeder Umdrehung der Doppelhelix berührt, kann es angemessener sein, die Flexibilität von DNA auf geladenen Oberflächen zu beurteilen. Glimmer, der mit positiv geladenen Molekülen beschichtet ist, ist ein geeignetes Substrat, auf dem die Flexibilität der DNA direkt mit einem Rasterkraftmikroskop gemessen werden kann., In den unten beschriebenen Experimenten erhöhte sich die Flexibilität der DNA in Abhängigkeit von der Konzentration und Art des Polyamins, das zum Beschichten von Glimmer verwendet wurde, um das Fünffache. Unter Verwendung der Theorie, die Ladungsneutralisation mit Flexibilität in Verbindung bringt, sagen wir voraus, dass Phosphatabstoßungen in der am flexibelsten beobachteten DNA um ∼50% abgeschwächt wurden. Diese einfache Methode ist ein wichtiges Instrument zur Untersuchung der physiochemischen Ursachen und molekularbiologischen Wirkungen der DNA-Flexibilität, die die DNA-Biochemie von der Chromatinstabilität bis zur Viruskapselung beeinflusst.
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