Winters versuchte Scotts neu entdecktes Talent in seinen Verbrechen einzusetzen, und missbrauchte den Jungen körperlich, als er sich zunächst weigerte. Scotts Machtdemonstration hatte jedoch die Aufmerksamkeit des mutierten Telepathen-Professors Charles Xavier auf sich gezogen, der sich mit FBI-Agent Fred Duncan zusammengetan hatte, um Scott zu finden. Scott wurde aus den Fängen von Winters gerettet und von Xavier als erstes Mitglied der X-Men angeworben, einem Team junger Mutanten, die trainierten, ihre Kräfte im Kampf für die Gleichheit von Menschen und Mutanten einzusetzen.,
Als Zyklop wurde Scott stellvertretender Anführer der X-Men. Während er ein erfahrener Taktiker war, fehlten seine sozialen Fähigkeiten. Scott hatte sich in seinen Teamkollegen Jean Grey verliebt, aber sein zurückhaltendes Auftreten hinderte ihn jahrelang daran, seine Gefühle für sie auszudrücken. Als Xaviers andere ursprüngliche Rekruten nach einer Begegnung mit dem Gefühlsinsel-Wesen Krakoa die Herde verließen, Cyclops blieb als stellvertretender Leiter des neuen Teams.
Kurz darauf trat die kosmische Entität, die als Phoenix Force bekannt ist, an Jean ‚ Stelle., Als es Selbstmord beging, Scott glaubte, die Liebe seines Lebens sei gestorben und er verließ die X-Men. Während seiner Zeit außerhalb des Teams traf Scott den Kapitän des Fischerboots Lee Forrester, der ihm half, seine Trauer zu verarbeiten. Scott kehrte schließlich zu den X-Men zurück, woraufhin er Madelyne Pryor traf, eine Frau, die eine unheimliche Ähnlichkeit mit Jean hatte. Scott war sich nicht bewusst, dass Madelyne ein Klon von Jean war, der von Sinister kreiert wurde, und verliebte sich in Madelyne und sie waren bald verheiratet. Madelyne wurde schwanger und gebar Scott einen Sohn namens Nathan Christopher.,
Als der echte Jean aus der suspendierten Animation hervorging, gab Scott seine Frau und seinen Sohn auf und schloss sich den anderen ursprünglichen X-Men an, um ein neues Team, X-Factor, zu gründen. Während einer dämonischen Invasion in New York City kämpften X-Factor und die X-Men gegen eine superstarke und verrückte Madelyne. Die Invasion wurde vereitelt, nachdem Madelyne im Kampf mit Jean umgekommen war.
Später infizierte der mutierte Kriegsherr namens Apocalypse Baby Nathan mit einem techno-organischen Virus., Um das Leben seines Sohnes zu retten, musste Scott einem Mitglied des Clans Askani erlauben, Nathan zwei Jahrtausende in die Zukunft zu transportieren, wo vorhergesehen worden war, dass er die Welt aus den Fängen der Apokalypse befreien würde. X-Factor löste sich bald darauf auf und seine Mitglieder kehrten in die Reihen der X-Men zurück. Scott und seine langjährige Liebe Jean waren verheiratet, und während ihrer Flitterwochen wurden ihre Geister von der Matriarchin des Clans Askani in den Zeitstrom gebracht. In der Zukunft angekommen, bewohnten sie neue Körper und zogen Nathan zwölf Jahre lang auf., Als sie zu ihrer eigenen Zeit und ihrem Körper zurückkehrten, blieb Nathan in der Zukunft und reifte schließlich zum größten Helden seiner Zeit: Cable.
Nach der Verhaftung von Professor X wegen Verbrechen, die als Angriff der bösen psionischen Entität begangen wurden, übernahm Scott erneut die Rolle der Führung der X-Men. Bald darauf trat die von der Regierung gesponserte Mutanten-Jagdoperation in Kraft, die als „Nulltoleranz“ bekannt war, und die schurkische Bastion eroberte die X-Men. Bei seinem Versuch, Mutantkind zu zerstören, platzierte Bastion eine Nanotech-Bombe in Scotts Körper., Die X-Men entkamen und der mutierte Arzt namens Cecilia Reyes rettete Scotts Leben. Scott und seine Frau verabschiedeten sich bald von den X-Men für eine Erholungsphase.
Nicht lange nachdem Scott und Jean zum Team zurückgekehrt waren, waren sie bald in Apocalypses Gebot um kosmische Macht verwickelt, indem sie „The Twelve“ zusammenstellten – eine Gruppe von Mutanten, die das Schicksal ihrer Art bestimmen würden, zu der Scott, Jean und Cable gehörten., Sie waren mit einer Maschine verbunden, die ihre großartigen Energien in die Apokalypse kanalisieren würde, so dass er den Körper des zeitgeschossenen mächtigen mutierten Teenagers, der als X-Man bekannt ist, absorbieren konnte. Als seine Teamkollegen um ihn herum fielen, rettete ein machtloser Scott X-Man und verschmolz mit dem Möchtegern-Eroberer, um eine neue böse Entität zu erschaffen. Jean entdeckte Scotts Psyche in Apocalypse und verhinderte, dass die X-Men ihn zerstörten, aber er wurde von den meisten seiner Teamkollegen für tot gehalten. Nur Jean und Cable weigerten sich zu glauben, Scott sei umgekommen.,
Bei der Untersuchung von Gerüchten, dass er am Leben war, fand das Paar ihn am Geburtsort der Apokalypse in Akkaba, Ägypten, und kämpfte darum, seine Meinung über die Psyche des Bösewichts zu bekräftigen. Letztendlich konnte Jean Apocalypses Essenz mit ihren mentalen Kräften physisch aus Scotts Körper reißen und sie mit seinen eigenen Kräften zerstören.
Scott ging für eine kleine Erholungsphase, in der er sich mit seinem Vater traf und versöhnte. Danach, Scott kehrte zu den X-Men zurück, aber seine Verbindung mit Apocalypse hatte ihm eine grimmigere gegeben, ernstere Persönlichkeit als je zuvor., Infolgedessen wurden viele seiner Beziehungen angespannt, einschließlich seiner Ehe mit Jean. Scott suchte den Rat seiner Teamkollegin Emma Frost und das Paar begann eine psychische Affäre. Als Jean Scotts Verrat entdeckte, verließ er die X-Men, um das Chaos zu beseitigen, zu dem sein Leben geworden war.
Nach dem Ausflug von Professor X als Mutant in die Welt wurde seine Schule das Xavier Institute of Higher Learning umbenannt und öffnete seine Türen für die mutierte Bevölkerung im Allgemeinen, die Dutzende junger neuer Studenten ausbildet und ausbildet, um ihnen zu helfen, mit ihren aufkeimenden Fähigkeiten fertig zu werden., Nach dem Tod seiner Frau übernahm Scott neben seiner neuen Liebe Emma die Position des Co-Schulleiters der Schule.
Cyclops ‚ Welt war weiter verärgert, als ein mysteriöser Mutant ihn und Marvel Girl (seine und Jean Greys Tochter) in eine geheime verlassene Einrichtung brachte. Cyclops entdeckte schließlich, dass der Mutant kein anderer als sein Bruder Gabriel war, der ein Schüler von Moira war, den Professor X geschickt hatte, um Scott aus Krakoa zu retten., Scott hatte den offensichtlichen Tod von Gabriel und seinen Teamkollegen miterlebt; Xavier hatte ihn abgewischt, um das psychische Trauma des Ereignisses zu lindern. Zyklopen wurden bis ins Mark erschüttert und vertrieben den damals machtlosen Xavier aus dem Institut.
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